当您发现营业执照的营业期限已经超期时，这确实是一个需要立即处理的问题，因为继续经营可能会面临法律风险和经营问题。以下是我为您详细整理的处理步骤和建议：

一、及时办理变更手续（如需继续经营）

1. 准备相关材料：

   • 申请书：明确说明您希望变更营业期限的意愿。
   • 股东会决议：如果公司有股东会，需要提供股东会关于变更营业期限的决议。
   • 营业执照正副本：作为变更的基础文件。
   • 法定代表人身份证明：证明您的身份和权限。

2. 向工商行政管理部门提交申请：

   • 将准备好的材料提交给当地工商行政管理部门。
   • 等待审核，工商部门会对提交的材料进行仔细审查。

3. 领取新的营业执照：

   • 如果审核通过，工商部门会为您办理变更手续，并核发新的营业执照，上面会注明新的营业期限。

二、办理注销手续（如不再继续经营）

1. 准备注销相关材料：

   • 注销申请书：明确说明您希望注销营业执照的意愿。
   • 清算报告：如果公司有资产和负债，需要提供清算报告，说明清算过程和结果。
   • 其他可能需要的文件：如税务注销证明等。

2. 向工商行政管理部门提交注销申请：

   • 将准备好的注销材料提交给当地工商行政管理部门。
   • 工商部门会对提交的材料进行审核，并处理注销事宜。

3. 完成注销：

   • 如果审核通过，工商部门会注销您的营业执照，您的企业将不再具有合法经营资格。

三、继续经营的风险

• 非法经营行为：营业期限过期后仍继续经营，属于非法经营行为。
• 处罚措施：可能面临工商部门的处罚，如罚款、责令停业等。
• 信用记录影响：还可能影响企业的信用记录，对未来经营产生不利影响。

四、特别提醒

• 及时处理：无论您选择继续经营还是注销，都应尽快处理，以避免不必要的法律风险和经营问题。
• 材料真实有效：在办理过程中，确保提交的材料真实有效，符合工商部门的要求。
• 关注政策变化：由于政策可能随时变化，建议您在办理前咨询当地工商行政管理部门或专业律师，以获取最准确的信息。

总之，当您发现营业执照的营业期限已经超期时，应根据企业的实际情况及时办理变更或注销手续。希望以上建议能对您有所帮助。