有争议的房屋不能签补偿协议，主要是因为产权不明确时签订协议可能损害真正权利人的利益，且协议可能因主体不适格或程序违法而不具法律效力。以下从几个方面详细解释：

一、产权争议导致权利主体不明确

根据《中华人民共和国民法典》及相关司法解释，不动产物权的变更和转让需依法登记才发生效力。在被征收房屋产权存在争议的情况下，征收管理部门不能与争议的任何一方签订征收补偿协议。这是因为，如果房屋产权存在争议，那么真正的权利人可能尚未确定，此时与任何一方签订协议都可能损害真正权利人的利益。例如，在最高法的一个判例中，案涉土地及土地上房屋的所有权存在争议，因此征收管理部门未与争议的任何一方签订补偿协议，而是由作出征收决定的人民政府依法对被征收的房屋作出征收补偿决定，并将征收补偿款及补偿安置房屋予以提存，待权属明确后，再向权利人发放征收补偿款，进行安置补偿。

二、协议可能因主体不适格而不具法律效力

签订补偿协议的主体必须适格，即必须是房屋的所有权人或其合法代理人。如果房屋产权存在争议，那么争议各方都可能主张自己是房屋的所有权人，此时签订补偿协议的主体就可能不适格。如果征收管理部门与不适格的主体签订了补偿协议，那么该协议可能因主体不适格而不具法律效力。

三、协议可能因程序违法而不具法律效力

除了主体不适格外，签订补偿协议还需要遵循一定的程序。例如，征收管理部门在签订补偿协议前，需要依法履行相关的征收程序，如取得合法的拆迁许可证等。如果征收管理部门未依法履行相关程序就签订了补偿协议，那么该协议可能因程序违法而不具法律效力。

四、法律建议

1. 确认产权：在房屋产权存在争议的情况下，应首先通过法律途径确认产权，明确房屋的所有权人。
2. 谨慎签订协议：在产权未明确前，不要轻易签订补偿协议，以免损害自己的利益或承担不必要的法律责任。
3. 寻求法律帮助：如果面临房屋拆迁补偿问题，且房屋产权存在争议，建议及时咨询专业律师，了解自己的权利和义务，以及可能的法律风险。

如有任何关于房屋拆迁补偿的法律问题，都可以直接向我咨询。我会根据你的具体情况，为你提供专业的法律建议和帮助。