案件申请执行期限两年，指的是在法律文书生效后，申请人需要在两年内向人民法院申请强制执行。这一规定主要来源于《民事诉讼法》的相关条款，具体分析如下：

一、法律条款依据

根据《民事诉讼法》第二百四十六条（部分版本为第二百三十九条，因法律修订可能存在条款编号变化，但内容一致）的规定：“申请执行的期间为二年。申请执行时效的中止、中断，适用法律有关诉讼时效中止、中断的规定。前款规定的期间，从法律文书规定履行期间的最后一日起计算；法律文书规定分期履行的，从最后一期履行期限届满之日起计算；法律文书未规定履行期间的，从法律文书生效之日起计算。”

二、期限计算方式

1. 一般情况：如果法律文书规定了明确的履行期限，那么申请执行的期限就从该履行期限的最后一日开始计算。例如，判决书中规定被告应在判决生效后十日内履行义务，那么申请执行的期限就从这十日后的第一天开始计算两年。

2. 分期履行情况：如果法律文书规定的是分期履行，那么申请执行的期限就从最后一期履行期限届满之日起计算。例如，判决书中规定被告应在第一年内每月支付一定金额，那么申请执行的期限就从第一年结束后的第一天开始计算两年。

3. 未规定履行期间情况：如果法律文书没有规定履行期限，那么申请执行的期限就从法律文书生效之日起计算。例如，调解书生效后，双方没有约定具体的履行时间，那么申请执行的期限就从调解书生效之日起计算两年。

三、申请执行时效的中止与中断

申请执行时效并非绝对不可变，它可能因特定事由而中止或中断。中止是指在时效进行期间，因发生法定事由而使时效暂时停止进行，待中止事由消除后，时效继续进行。中断则是指在时效进行期间，因发生法定事由而使已经经过的时效期间归于无效，待中断事由消除后，时效期间重新计算。这些法定事由通常包括权利人向义务人提出履行请求、义务人同意履行义务、权利人提起诉讼或申请仲裁等。

四、法律后果

如果申请人在两年内未向人民法院申请强制执行，那么其申请执行的权利可能会受到一定影响。虽然这并不意味着申请人完全丧失了申请执行的权利，但在实际操作中，可能会面临更多的困难和挑战。因此，建议申请人在法律文书生效后，及时关注履行期限，并在必要时向人民法院申请强制执行。

总结与建议：

• 申请人应密切关注法律文书的履行期限，确保在两年内及时向人民法院申请强制执行。
• 如遇特殊情况导致无法按时申请执行，应及时了解并适用申请执行时效的中止与中断规定。
• 如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询，我将根据您的具体情况提供专业的法律建议。