申请执行期间超过两年，通常会导致申请执行权的丧失。具体来说：
申请执行期间的规定：
- 按照《中华人民共和国民事诉讼法》的规定，申请执行的期间为二年。这是从法律文书所规定的履行期的最后一天开始计算；若法律文书并未明确规定履行期，则从法律文书生效的那一刻算起。
超过申请执行期间的后果：
- 如果权利人在两年内向法院提交强制执行的申请，法院会依法受理并执行。
- 但如果超过了这个两年期限，法院将不再接受强制执行的申请，即权利人丧失了申请执行权。
特殊情况的考量：
- 在某些特殊情况下，如存在时效中止、中断等法定情形，申请执行期间可能会重新计算。例如，在申请执行期间的最后六个月内，因不可抗力或者其他障碍不能行使请求权的，时效中止；从中止时效的原因消除之日起，申请执行期间继续计算。
法律建议：
- 因此，作为法律权利受到侵害的一方，应当密切关注申请执行期间的规定，确保在两年内向法院提交强制执行的申请，以避免因超过期限而无法维护自身合法权益。
- 如果因客观原因导致超过时效，如不可抗力等，可向法院说明情况，请求其审查是否存在正当理由。若理由成立，法院可能会继续执行程序。
- 若对方未以申请执行时效期间届满为由提出异议，法院不会主动适用时效规定，此时仍可继续要求法院推进执行。
综上所述，申请执行期间是一个重要的法律概念，它关乎到权利人能否通过法院强制执行来维护自身合法权益。因此，在面临相关法律问题时，应当咨询专业律师以获取准确的法律意见和帮助。如果你有任何关于申请执行或其他法律问题的疑问，可以直接向我咨询。