发现车辆被套牌违停时，您可以按照以下步骤处理：

一、确认套牌事实并收集证据

1. 查询违章记录：首先，通过“交管12123”APP或相关渠道查询违章记录，仔细核对车辆信息（如车型、颜色）是否与您的车辆一致。
2. 收集行车轨迹证明：保留您在违章时间段的行车轨迹证明，如停车场的停车票、行车记录仪视频等，以证明您的车辆并不在违章现场。
3. 现场发现时的证据收集：如果您现场发现了套牌车，务必拍照或录像保留车牌号、车型、驾驶员特征等关键证据。

二、报警与报案

1. 立即报警：发现套牌车时，应立即拨打122或110报警，提供套牌车的位置、车牌号及您所收集的证据，并配合警方调查。
2. 向交警部门报案：携带身份证、行驶证、驾驶证原件及复印件，前往车辆登记所在地的交警部门提交书面申诉材料，详细说明被套牌的情况，并附上相关证据。同时，填写《套牌车受案登记表》，并留存受理回执。

三、申请撤销违章处罚

1. 提交异议申请：您可以通过“交管12123”APP在线提交异议申请，并上传相关证据材料。或者，您也可以前往当地车管所窗口办理，提交纸质申请材料。
2. 跟进处理进度：定期查询违章记录状态，确认是否已撤销。如果超期未处理，您可以向上级交管部门或纪检监察机关反映情况。

四、法律维权途径

1. 行政复议：如果您对交警部门的处理结果不满，可以在60日内向本级政府或上级交管部门申请复议。
2. 民事诉讼：因套牌导致财产损失（如罚款、扣分），您可以向套牌车主索赔（需先通过警方查明其身份）。
3. 刑事报案：套牌行为涉嫌伪造国家机关证件罪，您可以要求公安机关立案侦查。

五、预防措施与注意事项

1. 定期检查违章记录：建议每月登录“交管12123”查看是否有异常违章记录。
2. 保护车辆信息：避免在公开平台泄露车牌号、车架号等敏感数据，以防被不法分子利用。
3. 加装防盗设备：使用电子围栏、GPS定位等技术手段监控车辆动态，及时发现并应对套牌行为。
4. 保留沟通记录：保存与警方、交警部门的通话录音、短信或书面回复，以备不时之需。
5. 警惕诈骗：勿轻信自称能“消分”“铲单”的中介，以免个人信息泄露或遭受经济损失。

通过以上步骤，您可以有效地维护自己的合法权益，并打击套牌违法行为。