在容留罪案件中，如果只有员工指认而没有其他确凿证据，且被告人不承认的情况下，判决结果会因证据是否充分而有所不同。具体分析如下：
一、证据充分，形成完整证据链的情况
司法机关会全面考量全案证据：在容留罪案件中，司法机关不会仅凭员工的指认就定罪。他们会全面审查案件中的所有证据，包括但不限于现场勘查记录、监控录像、交易记录、其他证人的证言等。如果这些证据能够相互佐证，形成一个完整的证据链，那么即使被告人不承认，司法机关也可能认定其构成容留罪。
可能被定罪量刑：在证据充分的情况下，被告人不承认并不会影响定罪。根据《中华人民共和国刑法》的相关规定，容留他人卖淫的，处五年以下有期徒刑、拘役或者管制，并处罚金；情节严重的，处五年以上有期徒刑，并处罚金。因此，如果证据确凿，被告人可能会面临相应的刑事处罚。
二、证据存在缺陷，无法形成完整证据链的情况
对定罪产生影响：如果案件中的证据存在缺陷，比如只有员工的指认而没有其他确凿证据支持，或者证据之间无法相互佐证，那么就无法形成一个完整的证据链。在这种情况下，被告人不承认可能会对定罪产生重大影响。
可能无罪或从轻处理：根据刑事诉讼法的原则，定罪必须做到事实清楚、证据确实充分。如果证据不足，无法证明被告人有罪，那么被告人可能会被判无罪。或者，在证据存在一定问题的情况下，法院也可能会考虑从轻处理，比如判处缓刑或者免予刑事处罚。
三、法律建议
积极配合调查：对于被告人来说，无论是否承认指控，都应该积极配合司法机关的调查工作。这有助于查明事实真相，也有助于维护被告人的合法权益。
寻求专业法律帮助：在面对刑事指控时，被告人应该及时寻求专业律师的帮助。律师可以为被告人提供法律咨询、代理申诉、辩护等服务，帮助被告人更好地维护自己的权益。
关注证据情况：被告人和律师都应该密切关注案件中的证据情况。如果发现证据存在缺陷或者问题，应该及时向司法机关提出异议，并寻求相应的法律救济。
举例来说，假设在一个容留卖淫的案件中，只有一名员工指认被告人有容留行为，但没有其他确凿证据支持。在这种情况下，如果被告人坚决否认指控，并且律师能够提出有力的辩护意见，那么法院可能会因为证据不足而判被告人无罪。相反，如果案件中存在其他确凿证据，比如监控录像显示被告人确实为卖淫活动提供了场所，那么即使被告人不承认，法院也可能认定其构成容留罪。
总之，在容留罪案件中，判决结果会因证据是否充分而有所不同。如果你或你身边的人遇到了类似的问题，可以直接向我咨询，我会根据具体情况提供专业的法律意见和帮助。