制定公司章程修正案的职权主要由公司股东会（股东大会）行使，特定情形下董事会也可在授权范围内行使有限职权。以下是对这一问题的详细分析：
一、股东会（股东大会）的职权
法定职权：
- 根据《中华人民共和国公司法》的规定，股东会（股东大会）是公司的最高权力机构，有权修改公司章程。这是股东会的基本职权之一，体现了股东对公司重大事项的决策权。
特别决议事项：
- 修改公司章程通常属于股东会的特别决议事项，需要经代表三分之二以上表决权的股东通过（有限责任公司）或出席股东大会的股东所持表决权的三分之二以上通过（股份有限公司）。这一规定确保了章程修改的严肃性和公正性，防止少数股东或管理层随意更改公司章程。
适用范围：
- 对于有限责任公司和股份有限公司而言，修改公司章程均属于股东会（股东大会）的职权范围。
二、董事会的职权（有限情形）
特定授权下的修改权：
- 在一般情况下，董事会没有直接修改公司章程的权力。然而，在某些特定情况下，如公司章程另有规定或者股东会授权董事会修改公司章程中的部分条款时，董事会可以行使有限的修改权。
实际操作中的限制：
- 即使公司章程或股东会授权董事会修改公司章程，这种修改也通常限于非核心条款或技术性调整，且不得与法律法规相抵触。同时，董事会修改公司章程后仍需报经股东会审议批准。
三、实际操作中的注意事项
- 提案权：公司董事会具有提出修改公司章程决议的权利。一旦董事会认为有必要修改公司章程，便可以作出相关决议，并提出具体的章程修改草案。这一权利是公司法赋予董事会的，以确保公司能够适应市场变化和内部管理的需要，及时对公司章程进行更新和完善。
- 表决权：股东会或股东大会对于公司章程修改具有最终的表决权。必须按照法定程序进行表决，并确保获得法定的通过比例。
- 执行权：一旦公司章程修正案获得股东会或股东大会的通过，公司便具有执行该修正案的权利。这包括按照修正案的内容进行公司内部管理的调整、相关制度的更新以及必要时的公告和备案等。
四、法律建议
- 在修改公司章程时，公司应确保遵循法定程序，包括提案、表决和执行等关键环节。
- 董事会或股东会在提出修改章程的决议时，应充分考虑公司实际情况和法律法规要求，确保修改内容的合法性和有效性。
- 修改后的公司章程应及时向相关监管部门报告，以便监管部门对公司进行有效的监督和管理。
如有任何关于公司章程修正案的具体问题或需要进一步的法律建议，请随时向我咨询。