行政罚款的滞纳金是否由系统自动计算，需分情况讨论：

1. 电子化执法系统场景
   若行政机关采用电子化执法平台（如交通违法处理系统、税务罚款系统等），且系统具备滞纳金计算模块，则滞纳金通常由系统根据预设规则自动生成。例如，交通违法罚款未在15日内缴纳的，系统会按每日3%的比例自动计算滞纳金，并生成包含本金、滞纳金总额的处罚决定书。此类系统的计算逻辑需符合《行政处罚法》及《行政强制法》中关于滞纳金上限（不超过本金）的规定。

2. 传统纸质文书处理场景
   若行政机关仍通过纸质文书（如手写处罚决定书）处理罚款，滞纳金需由执法人员手动计算。此时需注意两点：

   • 计算依据必须明确（如《行政处罚法》第七十二条规定的“当事人逾期不履行行政处罚决定的，作出行政处罚决定的行政机关可以采取下列措施：……（三）根据法律规定，将查封、扣押的财物拍卖、依法处理或者将冻结的存款、汇款划拨抵缴罚款；（四）依照《中华人民共和国行政强制法》的规定申请人民法院强制执行。行政机关批准延期、分期缴纳罚款的，申请人民法院强制执行的期限，自暂缓或者分期缴纳罚款期限结束之日起计算。根据法律规定，行政机关可以加处罚款或者滞纳金。加处罚款或者滞纳金的标准应当告知当事人。加处罚款或者滞纳金的数额不得超出金钱给付义务的数额”）；
     
   • 手动计算结果需经复核程序，避免因人为错误导致滞纳金超标（如超过本金）。

3. 特殊情形：滞纳金减免或暂缓
   若当事人符合《行政强制法》第四十二条规定的“实施行政强制执行，行政机关可以在不损害公共利益和他人合法权益的情况下，与当事人达成执行协议。执行协议可以约定分阶段履行；当事人采取补救措施的，可以减免加处的罚款或者滞纳金”，则滞纳金可能通过人工调整方式变更，此时系统可能仅作为记录工具，而非计算主体。

实务建议：

• 当事人收到处罚决定书后，应首先核对滞纳金计算方式（系统自动生成或人工计算），若发现计算错误（如超本金、未注明计算依据），可依据《行政诉讼法》第七十七条申请行政诉讼或通过行政复议程序纠正；
  
• 行政机关需确保系统计算规则或人工计算流程符合法律对滞纳金比例、上限的强制性规定，否则可能因程序违法被撤销处罚决定。
  

如有具体案件中的滞纳金计算争议，可进一步提供处罚决定书内容，我将结合法律条文分析合法性。