在综合工时制下，加班费的计算确实与标准工时制有所不同，它主要依据劳动者在综合计算周期内的实际工作时间与法定标准工作时间的对比来确定。以下是对综合工时制下加班费计算的详细解答：

一、综合工时制加班费计算基础

1. 法定工作时间：

   • 在综合计算周期内（如周、月、季、年），劳动者的实际工作时间不应超过总法定标准工作时间。超出部分应视为延长工作时间，需支付加班费。

2. 小时工资基数：

   • 加班费应以劳动者的小时工资为基数进行计算。小时工资的计算公式为：月工资收入÷（月计薪天数×8小时），其中月计薪天数为21.75天。

二、综合工时制加班费计算标准

根据《中华人民共和国劳动法》及相关规定，综合工时制下的加班费计算标准如下：

1. 工作日延时加班：

   • 若综合计算周期内的工作时间未超出法定标准，但存在单日超时工作且无法通过调休补偿的情况，按不低于小时工资基数的150%支付加班费。

2. 休息日加班：

   • 由于综合工时制以周期为单位核算工时，休息日工作通常通过集中休息或轮休方式补偿。若无法安排补休，则按不低于小时工资基数的200%支付加班费（需参照当地法律法规或企业规定，部分地区或企业可能有特别规定）。

3. 法定节假日加班：

   • 无论综合计算周期内的总工时是否超标，法定节假日工作必须按不低于小时工资基数的300%支付加班费。

三、综合工时制加班费计算示例

假设某员工月工资为6000元，实行以月为周期的综合工时制，该月制度工作时间为166.64小时（20.83天×8小时/天）。若该月实际出勤200小时，其中包含法定节假日工作8小时，则加班费计算如下：

1. 计算小时工资：

   • 小时工资 = 6000 ÷（21.75 × 8）≈ 34.48元/小时

2. 确定加班时长：

   • 加班时长 = 实际出勤小时数 - 制度工作时间 = 200 - 166.64 = 33.36小时
   • 其中，法定节假日加班8小时，工作日延时加班25.36小时

3. 计算加班费：

   • 工作日延时加班费 = 25.36 × 34.48 × 150% ≈ 1312.56元
   • 法定节假日加班费 = 8 × 34.48 × 300% = 827.52元
   • 总加班费 = 工作日延时加班费 + 法定节假日加班费 = 1312.56 + 827.52 = 2140.08元

四、注意事项

1. 周期核算规则：

   • 综合工时制以审批周期为核算单位，周期内总工时未超标的部分不产生加班费。例如季度周期中前两个月超时但第三个月调休后总工时达标，则无需支付加班费。

2. 证据留存要求：

   • 用人单位须完整保存考勤记录、排班表及工资条等证据，用以证明工时核算合规性。劳动者主张加班费时需提供初步举证材料。

3. 协商优先原则：

   • 企业可通过集体合同或劳动合同约定更优惠的加班费标准，但不得低于法定最低要求。

4. 地区差异：

   • 对于休息日加班费的支付，可能存在地区差异，需参照当地法律法规或企业规定执行。

综上所述，综合工时制下的加班费计算需严格遵循相关法律法规的规定，并根据具体的工作时间和加班情况来确定。用人单位应确保合法合规地支付加班费，以保障劳动者的合法权益。