电动自行车非法改装的处罚主要包括罚款、扣留车辆、责令恢复原状等，情节严重者可能面临拘留等更严厉的处罚，但一般情况下不会直接影响车主的汽车驾驶证。以下是对此问题的详细分析：
一、电动自行车非法改装的处罚措施
罚款：
- 根据《中华人民共和国道路交通安全法》及相关规定，驾驶拼装或擅自改变已登记的电动自行车结构、构造或特征的车辆上道路行驶，属于违法行为。
- 一般情况下，对非法改装电动自行车的行为处以警告或者一定金额的罚款（如50元至200元不等），具体金额由地方交通管理部门根据当地法规确定。
扣留车辆：
- 对于存在严重安全隐患的非法改装电动自行车，交通管理部门有权依法扣留车辆，直至车主消除违法状态并接受处理。
责令恢复原状：
- 被查处的非法改装电动自行车，车主需按照要求将车辆恢复至出厂时的原始状态，包括拆除加装的车棚、车厢、座位等装置，恢复限速装置、脚踏骑行功能等。
其他处罚：
- 如果非法改装行为导致交通事故或其他严重后果，车主还可能承担民事赔偿责任，甚至面临刑事责任。
- 对于多次违法或拒不改正的车主，可能会采取更严厉的措施，如行政拘留等。但一般情况下，电动自行车的非法改装处罚不会直接影响车主的汽车驾驶证，除非改装行为涉及到了机动车的范畴或者车主在改装过程中存在其他违法行为（如无证驾驶、伪造证件等）导致驾驶证被吊销或暂扣。
二、法律依据
- 《中华人民共和国道路交通安全法》：明确禁止拼装机动车或者擅自改变机动车已登记的结构、构造或者特征，以及改变非机动车质量、制动器、外形尺寸和其他影响非机动车安全性能的行为。
- 地方性法规：各地根据实际情况制定了具体的电动自行车管理规定，明确了非法改装行为的处罚标准和执行细则。
三、非法改装的风险与危害
- 安全风险：非法改装可能导致车辆重心改变、速度过快、制动性能下降等问题，增加交通事故的风险。
- 法律责任：非法改装行为不仅违反法律法规，还可能导致保险拒赔、事故责任加重等法律后果。
四、建议与提醒
- 遵守法规：车主应严格遵守相关法律法规，不要对电动自行车进行非法改装。
- 安全驾驶：无论驾驶何种车辆，都应确保车辆的安全性能，遵守交通规则，安全驾驶。
- 及时处理：如果车辆被查处存在非法改装行为，车主应及时按照要求进行处理，避免更严重的法律后果。
如果您在电动自行车改装或交通违章方面有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。