过了三年诉讼时效的债权在清算责任纠纷中仍可主张，但存在一定限制和风险。以下从不同角度为您详细分析：

一、诉讼时效届满后的法律效果

诉讼时效届满后，债权人的实体权利并不消灭，即债权人依旧有权向债务人主张债权。在清算责任纠纷中，若该债权原本就存在且未因其他原因（如债务人破产、债权转让等）而发生变化，债权人仍有权向清算义务人主张相关责任。不过，一旦债务人或相关责任人以诉讼时效已过进行抗辩，且法院经审查属实后，会驳回债权人的诉讼请求。

二、法院的处理方式

1. 受理与审理：若债权人向法院起诉，法院仍会受理该案件，并依法进行审理。但在审理过程中，若债务人或相关责任人提出诉讼时效抗辩，法院会对此进行审查。
2. 抗辩成立的处理：若法院审查后认为诉讼时效抗辩成立，即债权确实已超过三年诉讼时效，且债务人或相关责任人明确表示不愿履行债务，法院会驳回债权人的诉讼请求。
3. 未抗辩的处理：若债务人或相关责任人未提出诉讼时效抗辩，法院不得主动适用诉讼时效规定进行裁判。这意味着，在这种情况下，债权人仍有可能通过诉讼获得胜诉判决。

三、债务人的自愿履行与意思表示

1. 自愿履行：即便诉讼时效已过，若债务人自愿履行债务，履行后不能以不知时效已过为由要求返还。在清算责任纠纷中，若清算义务人自愿承担相关责任，其履行后不得反悔。
2. 同意履行的意思表示：若债务人作出同意履行义务的意思表示，如签订还款协议等，则诉讼时效重新计算。在清算责任纠纷中，若清算义务人通过书面形式确认承担相关责任，并签订相关协议，则该债权的诉讼时效会重新计算。

四、实务建议

1. 及时主张债权：为避免诉讼时效问题，债权人应在诉讼时效期间内及时主张债权，可以通过协商、调解、起诉等方式进行。
2. 留存证据：在主张债权的过程中，债权人应留存相关证据，如催款函、短信、微信聊天记录、还款协议等，以证明其曾向债务人主张过债权。
3. 关注债务人动态：债权人应关注债务人的动态，包括其财务状况、经营状况等，以便在债务人出现破产、清算等情况时及时采取措施。
4. 咨询专业律师：在涉及清算责任纠纷等复杂法律问题时，债权人应咨询专业律师，以获取更全面的法律建议和帮助。

举例说明：假设A公司对B公司享有一笔债权，该债权已超过三年诉讼时效。后B公司进入清算程序，A公司作为债权人向清算义务人主张相关责任。若清算义务人提出诉讼时效抗辩，且法院审查属实，A公司的诉讼请求可能会被驳回。但若清算义务人自愿承担相关责任，或签订还款协议确认承担责任，则A公司的债权可能会得到实现。

如有其他疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。