在交通事故中，若司机负主要责任且已通过医保隐瞒处理，其后续申请赔偿的问题需分情况讨论：

1. 医保报销与交通事故赔偿的独立性：

   • 医保报销是基于个人与医保机构之间的保险合同关系，旨在为参保人员提供医疗费用保障。而交通事故赔偿则是基于侵权责任法，由责任方对受害方进行的经济补偿。两者在法律性质上独立，医保报销并不影响交通事故赔偿的申请。

2. 隐瞒医保报销对赔偿申请的影响：

   • 若隐瞒行为未被发现：从表面上看，司机可能暂时获得了医保报销和潜在的赔偿双重利益。但这种行为存在法律风险，一旦被发现，可能面临法律追责，包括但不限于返还医保报销费用、承担欺诈责任等。
   • 若隐瞒行为被发现：司机不仅可能无法获得交通事故赔偿，还可能因欺诈行为受到法律制裁。此外，医保机构也可能要求司机返还已报销的医疗费用，并可能对其医保资格产生不良影响。

3. 合法申请赔偿的途径：

   • 司机应如实向保险公司和/或责任方（如其他驾驶员、车主等）报告交通事故情况，并提供相关医疗证明和费用清单。
   • 保险公司或责任方将根据事故责任和保险合同条款进行赔偿。若司机负主要责任，其获得的赔偿可能相应减少，但这是基于法律规定的责任分担原则，而非因医保报销而受影响。

4. 法律建议：

   • 诚信原则：在处理交通事故赔偿时，应遵循诚信原则，如实报告事故情况和医疗费用。隐瞒或欺诈行为不仅可能导致赔偿申请被拒绝，还可能面临法律追责。
   • 及时咨询：若对交通事故赔偿流程或法律规定有疑问，应及时咨询专业律师，以确保自身权益得到合法保护。
   • 保留证据：在处理交通事故过程中，应妥善保留相关证据，如事故现场照片、医疗证明、费用清单等，以便在申请赔偿时提供有力支持。

总结来看，虽然医保报销与交通事故赔偿在法律性质上独立，但隐瞒医保报销行为可能对赔偿申请产生不利影响。司机应如实报告事故情况和医疗费用，遵循诚信原则，并咨询专业律师以确保自身权益得到合法保护。若存在任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。