针对您提出的“债权人已经占有了债务人的企业还可以申请执行吗”这一问题，我们需要从法律的角度进行详细分析。

首先，要明确的是，债权人占有债务人的企业，并不直接等同于债权人的债权已经得到了实现。占有企业可能基于多种原因，如双方协商、临时托管等，但这并不改变债务人仍负有偿还债务的法律义务。

接下来，我们分析债权人申请执行的条件。在债权债务关系中，如果债务人未能按照约定履行债务，且该债务关系已经通过法律程序（如诉讼）得到确认，那么债权人在满足一定条件下，是有权向法院申请对债务人名下的财产进行执行的。这里的财产包括但不限于银行存款、动产、不动产等。

现在，针对您提到的具体情况——债权人已经占有了债务人的企业，我们来看这是否影响执行申请。从法律角度来看，占有企业本身并不妨碍债权人继续申请执行债务人的其他财产，或者如果企业本身也是债务的一部分（即企业资产是债务的担保或属于债务范围），那么债权人同样可以申请执行该企业。然而，在实际操作中，如果债权人已经通过占有企业的方式获得了某种程度的控制或收益，法院在考虑执行申请时，可能会综合评估债权人的实际损失、债务人的偿还能力以及执行措施的必要性和合理性。

此外，还需要注意的是，如果债务人的企业财产与其他合法主体的财产存在混淆情况，这可能会对执行效果产生不良影响。在这种情况下，执行过程中必须严格遵循法定的执行程序和相关规定，确保执行行为的合法性和公正性。

综上所述，债权人即使已经占有了债务人的企业，在满足一定条件下仍然有权向法院申请执行债务人的其他财产或该企业本身（如果属于债务范围）。但具体执行情况需要根据实际的法律关系、债务人的偿还能力以及执行程序来进行准确的确定。如果您作为债权人考虑申请执行，建议咨询专业律师以获取更具体的法律建议和指导。