协议里写签字和盖手印，但实际只有签字的情况下，协议仍然是有效的。以下从不同角度为您详细分析：

法律依据角度

根据《中华人民共和国民法典》第四百九十条的规定：“当事人采用合同书形式订立合同的，自当事人均签名、盖章或者按指印时合同成立。”这一条款明确指出了签名、盖章和按指印三种方式在法律上具有同等的效力，都是合同成立的有效方式。因此，只要协议上有当事人的真实签字，且没有其他导致合同无效的情形，那么即使没有按手印，协议也是有效的。

协议有效性条件角度

协议的有效性并不仅仅取决于是否有签字和手印，还取决于其他几个关键因素：

1. 双方真实意思表示：协议内容必须是双方自愿协商达成的，不能存在欺诈、胁迫等情形。
2. 内容合法：协议内容不能违反法律、行政法规的强制性规定，也不能违背公序良俗。
3. 双方具备相应民事行为能力：签订协议的双方当事人必须具备相应的民事行为能力，即能够完全理解自己的行为并承担相应的法律责任。

只要满足上述条件，即使协议上只有签字而没有手印，该协议也是有效的。

特殊情况考量角度

虽然一般情况下只有签字没有手印的协议是有效的，但在某些特殊情况下，如果当事人在协议中明确约定必须同时签字并按手印协议才生效，那么此时仅有签字而没有手印，协议可能不满足生效条件。因此，在签订协议时，应仔细阅读并理解协议中的全部条款，特别是关于生效条件的约定。

实际操作建议角度

尽管签字、盖章或按手印中的任何一种方式都能使合同成立并生效，但在实际操作中，为了确保协议的有效性和真实性，建议在签署重要协议时还是尽量按照法律规定和常规做法进行操作。例如，在可能的情况下，可以同时采用签字和按手印的方式，以增强协议的证明力。如果在签署协议过程中有任何疑问或担忧，可以直接向我咨询，以确保自己的合法权益得到充分保障。

举例说明：

假设甲和乙签订了一份借款合同，双方在合同上签字确认，但没有按手印。只要这份合同是双方自愿协商达成的，借款内容也不违反法律法规，那么这份合同就是有效的，对甲和乙都具有法律约束力。这进一步印证了签字在法律上的有效性以及手印并非合同成立的必要条件。

综上所述，协议里写签字和盖手印，但实际只有签字的情况下，协议仍然是有效的。但为了确保协议的法律效力和避免纠纷，建议按照法律规定的形式和要求来签订和保管协议，并在必要时寻求我的专业帮助。