针对您提出的“调解和好的调解书在协议离婚后怎么办”这一问题，我将结合相关法律知识和实践操作，为您详细解答。

首先，我们需要明确的是，调解和好的调解书是人民法院在审理离婚纠纷时，根据双方当事人的自愿和调解协议内容合法的基础上制作的法律文书。一旦这份调解书送达双方当事人并且经过双方签收，它就具有了与判决书同等的法律效力。这意味着，该离婚案件已经以调解和好的方式结案，双方当事人的婚姻关系得到了法律上的确认和维持。

接下来，我们探讨在协议离婚后，这份调解和好的调解书应该如何处理：

1. 调解书的法律效力：

   • 调解书一经签收，即产生法律效力，双方当事人必须遵守调解协议的约定。
   • 在协议离婚的过程中，如果双方已经通过调解和好，并且法院已经制作了调解书，那么这份调解书就是双方婚姻关系现状的法律证明。

2. 协议离婚与调解和好的关系：

   • 协议离婚是双方当事人自愿离婚，并就子女抚养、财产以及债务处理等事项协商一致后，到婚姻登记机关申请离婚登记的行为。
   • 如果在协议离婚前，双方已经通过法院调解和好，并且法院已经制作了调解书，那么这份调解书并不妨碍双方后续选择协议离婚。但需要注意的是，一旦选择协议离婚，就意味着双方放弃了之前调解和好的结果，转而通过新的协议来解除婚姻关系。

3. 调解书在协议离婚后的处理：

   • 在协议离婚后，调解书本身并不需要特别处理。它作为一份法律文书，仍然具有法律效力，但这份效力主要针对的是调解和好时的婚姻关系状态。
   • 如果双方后续选择协议离婚，并且成功办理了离婚登记，那么调解书所确认的婚姻关系状态就已经被新的离婚协议所取代。此时，调解书虽然仍然存在，但其法律效力已经局限于调解和好时的那个时间点。

4. 特殊情况下的处理：

   • 如果在协议离婚后，双方对调解书中的某些内容产生争议，或者认为调解书违反了自愿原则或法律内容，那么可以根据相关法律规定，向法院申请再审。但这种情况比较特殊，且需要满足一定的条件。

综上所述，调解和好的调解书在协议离婚后，其法律效力主要局限于调解和好时的婚姻关系状态。如果双方后续选择协议离婚并成功办理了离婚登记，那么调解书所确认的婚姻关系状态就已经被新的离婚协议所取代。因此，在协议离婚后，调解书本身并不需要特别处理，但双方应妥善保管这份法律文书，以备后续可能需要的查询和参考。