企业员工作为代理人做假证，将可能面临严重的法律后果，主要包括刑事责任、行政责任以及民事责任。以下是对这些后果的详细分析：
刑事责任
伪造公司、企业、事业单位、人民团体印章罪：
- 根据《中华人民共和国刑法》第二百八十条第二款的规定，伪造公司、企业、事业单位、人民团体的印章的，处三年以下有期徒刑、拘役、管制或者剥夺政治权利，并处罚金。
- 如果员工在作为代理人时，伪造了公司的印章用于制作假证，那么该员工将可能构成此罪，面临刑事处罚。
伪造、变造、买卖国家机关公文、证件、印章罪（如假证涉及国家机关证件）：
- 若假证涉及国家机关的公文、证件或印章，则根据《中华人民共和国刑法》第二百八十条第一款的规定，伪造、变造、买卖国家机关的公文、证件、印章的，处三年以下有期徒刑、拘役、管制或者剥夺政治权利，并处罚金；情节严重的，处三年以上十年以下有期徒刑，并处罚金。
- 员工在制作涉及国家机关的假证时，若存在伪造、变造或买卖行为，将可能触犯此罪。
其他相关犯罪：
- 如果员工在制作假证的过程中，还涉及其他犯罪行为，如诈骗、行贿等，那么该员工还将可能面临其他相关犯罪的指控和处罚。
行政责任
- 除了刑事责任外，员工还可能面临行政责任。例如，如果员工的行为违反了《中华人民共和国治安管理处罚法》的相关规定，如伪造、变造或者使用伪造、变造的证件、证明文件等，那么该员工将可能受到行政拘留、罚款等行政处罚。
民事责任
对公司的赔偿责任：
- 如果员工在作为代理人时制作假证，给公司造成了经济损失，那么公司有权要求员工承担赔偿责任。这包括但不限于因假证导致的合同违约、商誉损失等。
对第三方的赔偿责任：
- 如果员工制作的假证被用于欺骗第三方，导致第三方遭受经济损失，那么第三方也有权要求员工承担赔偿责任。在这种情况下，员工可能需要承担因假证而引发的所有民事后果。
建议与措施
- 企业角度：企业应加强对员工的法律教育和培训，提高员工的法律意识和风险意识。同时，企业应建立健全的内部控制制度，对员工的代理行为进行严格监督和管理，防止员工利用职务之便制作假证。
- 员工角度：作为企业员工，应严格遵守法律法规和企业规章制度，不得利用职务之便制作假证或参与其他违法活动。如果发现同事有制作假证的行为，应及时向企业报告或向有关部门举报。
企业员工作为代理人做假证将可能面临严重的法律后果。因此，无论是企业还是员工，都应高度重视这一问题，严格遵守法律法规和企业规章制度，共同维护企业的合法权益和市场的公平竞争秩序。如果有任何法律问题，可以直接向我咨询。