核心结论：总流水42万但涉案金额仅5000元时，案件定性、量刑或责任承担可能以实际涉案金额为准，但需结合具体案情、证据及法律规定综合判断。以下是具体分析：

1. 案件定性：以实际涉案金额为核心

• 在刑事案件中（如诈骗、盗窃等），定罪量刑通常以实际非法占有或涉及的金额为准。例如，若行为人通过虚假交易刷流水42万，但实际骗取他人财物仅5000元，则可能以5000元作为犯罪金额认定。
• 例外情形：若流水与涉案金额存在直接关联（如通过多次小额交易累计达到犯罪标准），则可能合并计算。但需证据证明流水与犯罪行为的因果关系。

2. 量刑或责任承担：以实际危害结果为依据

• 刑事案件中，量刑幅度通常与涉案金额挂钩。例如，诈骗罪中“数额较大”（一般3000元至1万元以上）可能处三年以下有期徒刑，而5000元可能属于该范围下限。
• 民事或行政案件中，责任承担（如赔偿、罚款）同样以实际损失或违法所得为准，流水金额可能作为辅助证据，但非决定性因素。

3. 证据与辩护的关键点

• 证据审查：需核实流水与涉案金额的关联性。例如，42万流水是否包含合法交易、是否与5000元涉案金额存在时间、对象上的重合。
• 辩护策略：若流水与犯罪无关，可主张排除无关证据；若涉案金额被高估，需提供反证（如退款记录、被害人陈述等）。

4. 实务建议

• 立即固定证据：保存与案件相关的交易记录、聊天记录、证人证言等，证明实际涉案金额。
• 委托律师介入：律师可协助分析流水构成、申请调取关键证据（如银行流水、第三方支付记录），并在侦查、审查起诉阶段提出法律意见。
• 关注程序权利：若已被采取强制措施（如拘留、逮捕），及时申请取保候审或提出羁押必要性审查。

总结：总流水与涉案金额的差异可能影响案件走向，但核心仍在于实际违法或犯罪金额的认定。建议尽快委托律师介入，通过证据分析、法律适用争取有利结果。如有进一步疑问，可直接向我咨询具体案情。