对被告有质疑但没有直接证据，一般情况下难以直接立案起诉，但需分情况讨论。以下从刑事案件和民事案件两个角度进行详细分析：

一、刑事案件中的立案标准

在刑事案件中，立案是刑事诉讼启动的标志，必须有一定的事实根据表明可能存在犯罪行为。根据我国《刑事诉讼法》的相关规定，公安机关、人民检察院或者人民法院对于报案、控告、举报和自首的材料，应当按照管辖范围，迅速进行审查。只有认为有犯罪事实需要追究刑事责任的时候，才会予以立案。这里的“有犯罪事实”需有相应证据支撑，仅有怀疑而无证据，无法满足立案条件。

• 举例说明：若怀疑他人盗窃，却无现场监控、财物丢失证明、嫌疑人作案痕迹等证据，公安机关很难立案。但如果在怀疑后及时收集线索和证据，达到立案标准，侦查机关会依法处理。

二、民事案件中的立案标准

在民事案件中，立案主要审查是否满足法定起诉条件，如明确的被告、具体的诉讼请求和合理的事实理由等。根据《中华人民共和国民事诉讼法》的相关规定，起诉必须满足一定的条件，但并未明确要求原告在起诉时必须提供充分证据来证明其主张。即使没有直接证据，只要满足法定起诉条件，法院也会受理案件。然而，没有直接证据但间接证据能构建完整链条且相互印证时，法院会受理审理；若仅模糊主张无实质证据，法院可能要求补充，无法补充或不符要求则可能不予受理。

• 证据要求：虽然立案不需要原告提供充分证据，但在后续的审理过程中，举证责任会按照法律规定分配给当事人。原告需对自己的主张承担相应的举证责任，如果无法提供足够的证据来支持其诉求，可能会面临不利的裁判结果，即败诉的风险。
• 举例说明：在一些借贷纠纷中，虽然没有借条这一直接证据，但如果有转账记录、聊天记录等间接证据能够相互印证，形成完整的证据链条，法院也会受理并审理该案件。

三、法律建议

1. 及时收集证据：无论是在刑事案件还是民事案件中，证据都是启动法律程序、采取相关措施的关键基础。因此，在怀疑被告有违法行为或民事侵权行为时，应及时收集相关证据，以支持自己的主张。
2. 咨询专业律师：在涉及法律问题时，咨询专业律师是非常重要的。律师可以根据具体情况提供专业的法律意见和建议，帮助当事人更好地维护自己的合法权益。
3. 遵循法律程序：在起诉或报案时，应遵循法律规定的程序和要求，确保自己的行为合法合规。这有助于提高案件的处理效率和成功率。

若您有具体的法律问题或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。我将根据您的具体情况提供专业的法律意见和建议。