结论：被恶意假冒签名合同且超过诉讼时效的情况下，仍有办法维护自身权益，但具体能否成功取决于是否存在诉讼时效中止、中断等事由，以及对方是否提出诉讼时效抗辩。

一、诉讼时效的基本规定

诉讼时效是指权利人在法定期间内不行使权利，即丧失请求法院依法保护其民事权利的权利。对于一般的合同纠纷，诉讼时效期间通常为三年，自权利人知道或者应当知道权利受到损害以及义务人之日起计算。若超过诉讼时效期间，权利人将丧失胜诉权，但实体权利并未消灭。

二、被恶意假冒签名合同超过诉讼时效的处理

1. 对方未提出诉讼时效抗辩：

   • 在此情况下，即使合同上的签名是假冒的，且债权已超过诉讼时效，您仍有权向法院提起诉讼。
   • 法院不会主动适用诉讼时效规定进行裁判，而是会正常审理案件。
   • 若您能提供充分证据证明合同的存在以及对方应履行的义务，法院可能会判决对方承担相应的法律责任。

2. 对方提出诉讼时效抗辩：

   • 若对方提出诉讼时效抗辩，您需要查明是否存在诉讼时效中止、中断或延长的情形。
   • 诉讼时效中止：指在诉讼时效期间的最后六个月内，因法定事由而使权利人不能行使请求权的，诉讼时效期间的计算暂时停止。例如，因不可抗力或者其他障碍不能行使请求权。
   • 诉讼时效中断：指在诉讼时效期间进行中，因发生一定的法定事由，致使已经经过的时效期间统归无效，待时效中断的事由消除后，诉讼时效期间重新起算。例如，权利人向义务人提出履行请求、义务人同意履行义务等。
   • 若您能提供证据证明在诉讼时效期间内曾向对方主张过权利（如发送催款函、提起诉讼等），且经法院审查成立，法院将不会支持对方的时效抗辩。
   • 若查明无相关事由，您将丧失胜诉权，但其实体权利并未消灭。这意味着，虽然法院不会判决对方履行义务，但对方自愿履行的，您仍有权接受，且对方之后不能以超过时效为由要求返还。

三、针对恶意假冒签名的特别建议

• 收集证据：尽可能收集与合同相关的所有证据，包括但不限于合同文本、交易记录、沟通记录等，以证明合同的存在以及对方应履行的义务。
• 鉴定签名真伪：若可能，对合同上的签名进行鉴定，以证明签名是假冒的。这将有助于您在诉讼中主张合同无效或可撤销。
• 及时主张权利：在发现合同被恶意假冒签名后，应及时向对方主张权利，并保留相关证据。这有助于防止诉讼时效的经过，并为您在诉讼中争取有利地位。

四、后续行动建议

• 咨询专业律师：虽然我作为马海东律师已经给出了上述建议，但每个案件的具体情况都有所不同。因此，我建议您在采取任何行动之前，先咨询一位专业律师，以便获得更具体、更针对性的法律建议。
• 准备诉讼材料：若您决定提起诉讼，应提前准备好诉讼材料，包括起诉状、证据清单等。这将有助于您在诉讼中更有效地主张自己的权利。

总结：被恶意假冒签名合同且超过诉讼时效的情况下，您仍有办法维护自身权益。但具体能否成功取决于是否存在诉讼时效中止、中断等事由，以及对方是否提出诉讼时效抗辩。因此，我建议您在采取任何行动之前，先咨询一位专业律师，以便获得更具体、更针对性的法律建议。若您有任何法律问题，都可以直接向我咨询。