小产权房双方签订的合同是否有效，需分情况讨论：
一、合同有效的情形
本集体经济组织成员间交易：
- 若买房人属于本集体经济组织成员，双方签订的小产权房买卖合同通常有效。这是因为同一集体经济组织成员对集体土地有平等的使用权益，成员间基于生活居住需求买卖小产权房，未违反集体利益与相关政策，且合同在不违反法律强制性规定和公序良俗时，应受法律保护。
国有土地上违规建房补办手续后：
- 对于在国有划拨土地或出让土地上违规建设的小产权房，若后期能通过补办手续等方式使交易合法化，合同也可能被认定有效。但这种情况较为特殊，且补办手续的过程可能复杂且充满不确定性。
二、合同无效的情形
非本集体经济组织成员购买：
- 若买房人为非本集体经济组织成员，购买集体土地上的小产权房，这类合同一般无效。因为集体土地上的房屋通常供本集体经济组织成员居住使用，非本集体成员购买违反了土地管理法规和集体组织权益，法院大多会认定合同不具法律效力。
涉及城镇居民购买：
- 若涉及将小产权房出售给城镇居民，合同也无效。国家为保护耕地、维护农村社会稳定，严禁城镇居民在农村购置宅基地，购买小产权房也在禁止之列。
合同内容违反法律法规强制性规定：
- 无论交易主体是谁，若合同内容违反规划等法律法规强制性规定，合同均可能无效。例如，在未取得规划许可的情况下建设小产权房，并据此签订买卖合同，该合同很可能因违反法律法规而被认定无效。
三、法律建议
谨慎交易：
- 小产权房交易存在显著的法律风险，包括无法办理产权过户、被拆除等。因此，在交易前应充分了解相关法律规定和政策导向，谨慎评估交易风险。
完善合同条款：
- 若决定进行小产权房交易，应尽可能完善合同条款，明确双方的权利义务、违约责任等。这有助于在发生争议时提供有力的法律支持。
咨询专业律师：
- 在进行小产权房交易前，建议咨询专业律师以获取更具体的法律建议。律师可以根据您的具体情况和当地政策，为您提供更准确的法律分析和风险评估。
总结来看，小产权房双方签订的合同是否有效，取决于交易主体、合同内容以及是否违反法律法规强制性规定等多种因素。在交易前应充分了解相关法律规定和政策导向，谨慎评估交易风险，并在必要时咨询专业律师以获取更具体的法律建议。