经营5年后公司转让是合法的，但具体合法性需结合多方面因素综合判断。以下从不同角度为你详细分析：
一、公司转让的合法性基础
公司转让，即公司股权或资产的转让，是市场经济中常见的商业行为。只要转让过程符合法律法规的规定，如《公司法》、《合同法》等相关法律，且不损害国家、社会公共利益或第三人合法权益，就是合法的。经营年限（如5年）并不是决定公司转让是否合法的关键因素。
二、公司转让需满足的条件
内部决策程序：
- 股东会或董事会决议：公司转让需经过公司内部决策程序，如股东会或董事会的决议。决议内容应明确转让事项、转让价格、支付方式等关键条款。
- 股东同意：对于有限责任公司，股东向股东以外的人转让股权，应当经其他股东过半数同意。股东应就其股权转让事项书面通知其他股东征求同意。
签订转让协议：
- 转让双方应签订书面转让协议，明确双方的权利和义务，包括转让标的、转让价格、支付方式、违约责任等。
办理变更登记：
- 转让完成后，应及时到工商行政管理部门办理公司变更登记手续，包括股东名册变更、公司章程修正等。
三、可能存在的法律风险及防范
合同风险：
- 转让协议可能存在条款不明确、权利义务不对等、违约责任不清晰等问题。因此，在签订转让协议前，应仔细审查协议条款，确保协议内容合法、有效、明确。
税务风险：
- 公司转让可能涉及增值税、企业所得税、个人所得税等税费问题。转让双方应了解并遵守相关税收法规，确保税费缴纳合法、合规。
债务风险：
- 转让前，应对公司的债务情况进行全面调查，确保转让后不会因公司债务问题而承担法律责任。可以在转让协议中明确债务承担条款，约定由转让方承担转让前的债务。
四、特殊情况下的合法性判断
如果公司存在违法经营行为：
- 如公司存在偷税漏税、非法经营等违法行为，那么在公司转让过程中，这些违法行为可能会成为转让的障碍。因此，在转让前，应确保公司合法经营，无违法违规行为。
如果转让涉及国有资产：
- 如果公司转让涉及国有资产，那么转让过程需遵守国有资产转让的相关规定，如进行资产评估、公开招标等。否则，转让可能因违反国有资产转让规定而无效。
五、建议与总结
- 建议：在进行公司转让前，建议咨询专业律师或会计师，确保转让过程合法、合规。同时，应全面调查公司的财务状况、债务情况、法律纠纷等，以降低转让风险。
- 总结：经营5年后公司转让本身是合法的，但具体合法性需结合公司内部决策程序、转让协议签订、变更登记办理以及是否存在违法经营行为、是否涉及国有资产转让等多方面因素综合判断。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。