关于劳动纠纷协商离职结算后，公司支付的赔偿金是否需要交税的问题，结论如下：
在当地上年度职工人均工资三倍数额以内的部分，免征个人所得税：
- 根据《财政部税务总局关于个人所得税法修改后有关优惠政策衔接问题的通知》的相关规定，个人与用人单位解除劳动关系取得的一次性补偿收入（包括用人单位发放的经济补偿金、生活补助费和其他补助费），在当地上年职工平均工资3倍数额以内的部分，是免征个人所得税的。这意味着，如果公司支付的离职赔偿金在这个范围内，员工是不需要缴纳个人所得税的。
超出当地上年度职工人均工资三倍数额的部分，需要按照《综合所得税率表》计算纳税：
- 如果离职赔偿金超出了当地上年度职工人均工资的三倍数额，那么超出的部分就不再作为当年综合所得，而是需要单独适用综合所得税率表来计算应缴税额。这种情况下，员工需要就超出的部分缴纳个人所得税。
具体计算方式（假设超出部分为X元）：
- 应纳税额 = X × 适用税率 - 速算扣除数（具体税率和速算扣除数需根据《综合所得税率表》确定）
额外建议：
- 在处理离职赔偿金时，建议员工与公司明确赔偿金的金额和构成，以确保自己的权益得到保障。
- 如果对赔偿金的纳税问题有疑问，可以要求公司提供详细的纳税说明或咨询专业的税务机构。
- 在签订离职协议时，务必仔细阅读协议条款，特别是关于赔偿金和纳税的部分，以免产生不必要的纠纷。
可能遇到的法律后果：
- 如果公司未按照规定代扣代缴个人所得税，可能会面临税务机关的处罚，包括但不限于罚款、滞纳金等。
- 如果员工未如实申报个人所得税，也可能会面临税务机关的处罚，并影响个人的信用记录。
希望以上解答能够帮助您更好地理解劳动纠纷协商离职结算后公司支付的赔偿金是否需要交税的问题。如果您还有其他疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。