面对公司挂靠车辆被查封的情况，您可以按照以下步骤来处理和应对：
一、冷静应对，了解案件详情
首先，保持冷静，不要惊慌失措。通过与法院、挂靠公司或相关当事人沟通，查阅案件相关文件，了解案件的具体情况，包括案件的起因、涉及的法律条款、涉案金额以及查封的具体车辆信息等。
二、明确法律关系与权利义务
审查挂靠协议：仔细审查您与挂靠公司签订的挂靠协议，明确协议中的权利义务条款，特别是关于车辆所有权、使用权、收益权以及风险承担等方面的约定。
了解相关法律法规：深入研究与挂靠公司、车辆查封相关的法律法规，如《公司法》、《道路交通安全法》、《民事诉讼法》等，明确自己的法律地位和权利义务。
三、收集并保留证据
购车凭证：保留购车发票、付款记录等证明您实际出资购买车辆的证据。
挂靠协议及运营合同：确保挂靠协议及运营合同等文件完整且合法有效，作为证明您与挂靠公司之间法律关系的依据。
车辆使用证据：收集车辆使用过程中的相关证据，如运输单据、维修记录等，以证明您对车辆的实际占有、使用和收益。
四、寻求专业法律援助
在应对此类法律纠纷时，强烈建议寻求专业法律人士的帮助。他们可以提供更全面、更具针对性的法律建议，帮助您分析案件形势，制定应对策略，并代表您与法院、挂靠公司或其他相关方进行沟通协商。
五、与相关部门积极沟通
与法院沟通：向法院提交执行异议申请，并提供相关证据材料，以证明您对被查封车辆的实际所有权。同时，了解法院的判决依据和执行方式，以便后续应对。
与交通管理部门、车辆管理所沟通：向这些部门解释情况，并提供挂靠协议、购车凭证等证据，以便他们了解事情的来龙去脉，并可能为您提供一定的帮助或指导。
六、探讨解决方案
在了解法律条款、明确权利义务以及与相关部门沟通的基础上，您可以与涉案方共同探讨解决方案。可能的解决方案包括：
协商解除合同：与挂靠公司协商解除挂靠合同，并就违约责任、费用处理等问题达成一致意见。
寻求第三方担保：如果挂靠公司愿意配合，可以寻找有信誉和实力的第三方作为担保，以解除对车辆的查封。
提起确权诉讼：如果协商无果，您可以考虑向法院提起确权诉讼，要求确认您对被查封车辆的实际所有权，并请求法院解除查封。
七、预防未来风险
为了避免未来再次发生类似情况，建议您采取以下措施：
选择正规挂靠公司：确保挂靠公司具有合法资质和良好信誉，避免与不正规的公司合作。
完善挂靠协议：在签订挂靠协议时，明确双方的权利义务、风险承担以及违约责任等条款，确保协议合法有效且具有可操作性。
定期核查公司经营状态：定期了解挂靠公司的经营状况和财务状况，防止公司出现经营异常或拖欠债务等情况。
合理购买保险：为自己和车辆购买足够的保险，以应对可能发生的交通事故或其他风险。
关注政策变化：随着挂靠管理逐步加强，您应时刻关注政策变化，及时调整经营模式以适应新的法规要求。
希望以上建议能对您有所帮助。在处理此类法律纠纷时，请务必保持冷静、理性应对，并寻求专业法律人士的帮助以确保您的合法权益得到维护。