农民手上流转的土地用于盖厂房，即便村委盖章同意，也不一定合法，需视具体情况而定。以下从不同角度进行分析：

一、土地流转的合法性基础

1. 土地用途管制：

   • 根据《中华人民共和国土地管理法》及相关规定，农村土地流转必须遵循土地用途管制原则。即流转后的土地使用必须符合土地利用总体规划和城乡规划，不得擅自改变土地用途。
   • 若流转的土地原为农用地（如耕地、林地等），未经依法批准转为建设用地，则在此类土地上盖厂房属于违法用地行为。

2. 流转合同的合法性：

   • 土地流转合同是流转双方权利义务的基础。合同内容必须合法、合规，明确流转土地的用途、期限、流转方式等关键条款。
   • 若流转合同中未明确约定土地用途为建设用地，或约定用途与实际用途不符，则合同可能因违法而无效。

二、村委盖章同意的法律效力

1. 村委的权限：

   • 村委作为农村基层自治组织，对村内事务有一定的管理权。然而，在土地流转和用地审批方面，村委的权限是有限的。
   • 村委盖章同意流转土地用于盖厂房，并不等同于获得了合法的用地审批。用地审批通常需要经过县级以上人民政府的批准。

2. 盖章同意的法律后果：

   • 若村委未经上级政府批准，擅自同意流转土地用于盖厂房，则村委的行为可能构成违法。
   • 流转方和用地方若依据村委的盖章同意进行厂房建设，可能面临被责令拆除、罚款等法律后果。

三、合法用地的途径

1. 申请用地审批：

   • 若需在流转的土地上盖厂房，应依法向县级以上人民政府申请用地审批。审批过程中需提交土地利用总体规划、城乡规划、环境影响评价等相关材料。
   • 只有获得用地审批后，方可进行厂房建设。

2. 遵循规划要求：

   • 在申请用地审批时，需确保厂房建设符合土地利用总体规划和城乡规划的要求。
   • 若厂房建设不符合规划要求，即使获得用地审批，也可能面临被责令整改或拆除的风险。

四、法律建议

1. 核查土地用途：

   • 在流转土地前，应核查土地的原用途和规划用途，确保流转后的土地使用符合相关规定。

2. 签订合法合同：

   • 签订土地流转合同时，应明确约定土地用途、期限、流转方式等关键条款，并确保合同内容合法、合规。

3. 申请用地审批：

   • 若需在流转的土地上盖厂房，应依法向县级以上人民政府申请用地审批，并遵循相关规划要求。

4. 咨询专业律师：

   • 在处理土地流转和用地审批等法律事务时，建议咨询专业律师，以确保合法合规并降低法律风险。不过，您现在就可以直接向我提问，我会结合您的具体情况给出更详细的法律建议。