结论：民间借贷中，5万本金一个月利息一千的借贷约定，在大多数情况下是不合法的，因为其年利率可能超过了法律规定的上限。
一、利率计算与法律规定
利率计算：
- 月利息为1000元，本金为50000元，则月利率为2%（1000÷50000×100%）。
- 换算成年利率，即2%×12=24%。
法律规定：
- 根据《最高人民法院关于审理民间借贷案件适用法律若干问题的规定》，民间借贷的年利率不得超过合同成立时一年期贷款市场报价利率（LPR）的四倍。这个数值会随市场情况而定期更新，但通常远低于24%。以近期数据为例，一年期LPR的四倍往往在15%左右，显然24%的年利率超过了这一上限。
二、合法性判断
民间借贷：
- 若按照当前市场情况下的一年期贷款市场报价利率四倍来计算，24%的年利率显然超过了这一上限。
- 因此，在民间借贷中，5万本金一个月利息一千的借贷约定是不合法的。超过法定利率上限的部分利息，将不受法律保护。
特殊情况说明：
- 需要注意的是，如果借贷双方约定的利率虽然超过了LPR的四倍，但并未超过年利率36%（该上限为过去规定，且已逐步被LPR四倍标准取代，但此处为全面分析仍提及），且借款人已经自愿支付，那么在没有其他违法情形下，借款人要求出借人返还超出部分的利息，法院可能不予支持。然而，这并不意味着这样的利率约定是合法的，只是法院在特定情形下可能不会干预已经履行的借贷行为。但当前司法实践中，更倾向于保护借款人，限制过高利率。
三、法律后果与建议
法律后果：
- 如果借款人选择不支付超出法定利率上限的利息，出借人将无法通过法律途径强制要求支付。
- 如果借款人已经支付了超出部分的利息，他们有权要求出借人返还这部分不当得利。
建议：
- 在进行借贷时，双方应严格遵守法律规定，确保借贷利率在合法范围内。出借人应合理设定利率，避免触犯法律；借款人也应谨慎选择借款方式，保护自己的合法权益。
- 如果对借贷利率有疑问或不确定，建议咨询专业律师或相关金融监管机构，以确保借贷行为的合法性。
四、具体计算示例
- 本金：50000元
- 月利息：1000元
- 月利率：2%
- 年利率：24%
- 合法年利率上限（假设）：15.4%（以近期LPR四倍为例）
- 超出部分：24%-15.4%=8.6%
由此可见，该借贷约定的年利率超出了法律规定的上限，因此是不合法的。
综上所述，民间借贷中5万本金一个月利息一千的借贷约定，在大多数情况下是不合法的。在进行借贷活动时，双方应充分了解并遵守相关法律法规，以避免可能的法律纠纷和经济损失。如果您对此有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。