结论：员工入股公司几十万却没有办理正式手续，在辞职时能否退股，这主要取决于入股时的具体约定以及公司章程或相关协议的规定。若没有明确的书面约定或协议，退股问题可能会变得复杂且存在法律风险。
分析：
入股手续的重要性：
- 正式的入股手续，如签订入股协议、修改公司章程、办理工商变更登记等，是确认股东身份和权益的重要依据。若缺乏这些手续，员工在法律上的股东身份可能会受到质疑。
退股的法律依据：
- 退股通常涉及股东权益的转让或公司减资等法律行为，这些都需要遵循公司法和相关法律法规的规定。
- 若员工入股时未签订任何书面协议，也未在公司章程中明确其股东身份和权益，那么退股时可能缺乏明确的法律依据。
公司章程和协议的作用：
- 公司章程是公司的基本法律文件，其中可能包含关于股东退股的规定。
- 若员工入股时与公司签订了入股协议，协议中应明确退股的条件、方式和程序等。这些协议条款将成为解决退股问题的重要依据。
可能的法律后果：
- 若没有明确的书面约定或协议，员工在辞职时要求退股可能会面临公司的拒绝或法律纠纷。
- 在这种情况下，员工可能需要通过法律途径来维护自己的权益，如提起诉讼或申请仲裁等。但这将涉及复杂的法律程序和可能的法律费用。
建议：
审查入股时的相关文件：
- 员工应首先审查自己入股时是否签订了任何书面协议或修改了公司章程。这些文件将作为解决退股问题的重要依据。
与公司协商：
- 若没有明确的书面约定或协议，员工可以尝试与公司进行协商，寻求双方都能接受的解决方案。
寻求法律帮助：
- 若协商无果，员工可以寻求专业律师的法律帮助，以了解自己的权益和可能的法律途径。律师将能够根据具体情况提供针对性的法律建议。
预防未来风险：
- 对于未来可能涉及的入股或投资行为，员工应确保签订正式的书面协议，并明确双方的权利和义务。这将有助于降低法律风险并保护自己的权益。
总结：员工入股公司没有办理正式手续时，在辞职时能否退股取决于入股时的具体约定以及公司章程或相关协议的规定。为避免法律风险和纠纷，员工应确保在入股时签订正式的书面协议，并明确退股的条件和程序。若遇到问题，可以及时向我咨询以获取专业的法律帮助。