工厂扣三倍工资通常是不合法的。以下从不同角度对此问题进行分析：

一、法律规定角度

根据《中华人民共和国劳动法》及《工资支付暂行规定》等相关法律法规，用人单位应当按时足额支付劳动者工资，不得克扣或者无故拖欠。工资是劳动者提供劳动后应得的报酬，用人单位应按照劳动合同约定和国家规定，向劳动者及时足额支付劳动报酬。旷工只是劳动者未提供劳动的一种情况，用人单位只能扣除旷工当日的工资，而不能额外多扣，扣三倍工资明显超出了合理范围，缺乏法律依据。

二、惩罚性质角度

工厂规定旷工扣三倍工资，这种规定带有明显的惩罚性。其目的并非是对劳动者未提供劳动的合理扣除，而是一种过度的经济制裁。虽然用人单位有管理员工的权利，但这种惩罚性的扣薪规定不符合法律的公平公正原则。若以旷工为由扣三倍工资，可能会导致劳动者的收入大幅减少，甚至影响到其基本生活，这与劳动法律法规保护劳动者合法权益的宗旨相悖。

三、合法扣工资的情形

当然，也存在一些合法的扣工资情形，但这些情形都有明确的法律依据和合理的扣除范围：

1. 代扣代缴：工厂可依法从员工工资中代扣代缴个人所得税、社会保险费用（员工个人负担部分）、法院判决或裁定要求的抚养费或赡养费等。
2. 员工过错导致经济损失：如果员工因故意或重大过失给工厂造成经济损失，工厂可以要求员工赔偿，并从工资中扣除相应款项。但每月扣除的部分不得超过员工当月工资的20%，且扣除后的剩余工资不得低于当地月最低工资标准。
3. 违反劳动纪律：工厂依法制定的规章制度中明确规定了旷工、迟到早退等违反劳动纪律的行为可以扣工资，并且该规章制度已经向员工公示或告知。但扣除的工资数额也应当合理，不能超出法律规定的范围。
4. 员工绩效不达标：绩效工资作为浮动工资部分，如果员工绩效未达标，公司可以通过绩效考核减少其绩效工资。但这并不涉及对基本工资的额外扣除。

四、员工维权途径

面对工厂不合法的扣工资行为，员工可以采取以下措施维护自己的权益：

1. 与工厂协商：首先尝试与工厂沟通协商，要求说明扣工资的依据并纠正不合理行为。在沟通时要注意保留相关的聊天记录、通话录音等证据。
2. 向劳动监察部门投诉：若协商无果，可向当地劳动监察部门投诉，劳动监察部门有权责令工厂改正并处以罚款。
3. 申请劳动仲裁：员工也有权直接申请劳动仲裁，要求工厂返还不合理扣款并支付经济补偿等。在仲裁时需要提供如劳动合同、工资条、考勤记录等相关证据。

建议：员工应了解自己的权益和维权途径，在面临扣工资问题时能够采取适当的措施来保护自己的合法权益。如果遇到工厂扣三倍工资等不合法的行为，不要忍气吞声，而是要积极运用法律武器来维护自己的权益。有问题可以直接向我咨询，我会为你提供专业的法律帮助。