第三方软件公司不能代表被告公司。以下是对此结论的详细分析：

一. 法律主体独立性

根据《中华人民共和国公司法》第三条，公司是企业法人，有独立的法人财产，享有法人财产权。公司以其全部财产对公司的债务承担责任。这意味着，每个公司都是一个独立的法律主体，其权利和义务是独立的，不能被其他公司（包括第三方软件公司）所代表。

二. 法定代表人与公司代理人的区别

1. 法定代表人：基于法律规定天然代表着公司，因此在公司权利能力和行为能力范围内，法定代表人享有对外从事民事活动的绝对自由。只要成为了法定代表人，原则上就可以在公司的一切对外事务中代表公司，而无须专门的另行授权。公司欲剥夺法定代表人的代表权，只能通过变更法定代表人得以实现。公司欲限制法定代表人的代表权，必须要在公司章程等文件上作出特别规定。
2. 公司代理人：是接受公司的授权对外从事活动的独立主体，与公司具有不同的人格。公司代理人与公司是两个主体，代理人的行为并非公司的行为，只是基于代理制度而直接对公司产生法律效力。作为公司而言，具有任意选择代理人的自由。

因此，第三方软件公司除非被明确授权为被告公司的代理人，否则无权代表被告公司。

三. 合同关系与责任承担

如果被告第三方公司与其他方（如原告或被告公司）之间存在合同关系，且合同约定了责任承担方式，那么被告第三方公司的责任将依据合同条款来确定。但这并不意味着第三方软件公司可以代表被告公司，而只是在特定合同关系下承担相应的责任。

四. 实际案例与法律实践

在实际案例中，如果被告公司使用盗版软件且该软件由第三方软件公司安装使用，而原告不能证明被告公司知道或应该知道该软件是侵权的，被告公司依法可能不承担赔偿责任，侵权责任由实际操作、安装盗版软件的第三方服务器运营商承担。这进一步说明了第三方软件公司不能代表被告公司，而是作为独立的责任主体存在。

综上所述，第三方软件公司不能代表被告公司。每个公司都是独立的法律主体，其权利和义务是独立的。如有进一步需要，您可以继续咨询我。