药品区域代理协议若违反反垄断法，则该协议中违反法律规定的相关条款无效，但协议其他不违反法律规定的部分可能仍然有效。以下从不同角度进行详细分析：
一、违反反垄断法的协议条款效力
违反法律强制性规定的条款无效：
- 根据《中华人民共和国反垄断法》的相关规定，经营者不得达成垄断协议，包括固定或者变更商品价格、分割销售市场等横向垄断协议。若药品区域代理协议中包含此类条款，则这些条款因违反法律强制性规定而无效。
- 例如，若协议中约定代理商不得以低于某价格销售药品，或划分特定区域的市场份额给特定代理商，这些条款均可能构成横向垄断协议，从而无效。
无效条款的法律后果：
- 无效的条款自始没有法律约束力。这意味着，若协议中的垄断条款被认定为无效，则这些条款不能作为双方行使权利或履行义务的依据。
- 双方应依据法律规定和协议其他有效条款，重新协商或调整合作方式，以确保符合反垄断法的要求。
二、协议其他部分的效力
不违反法律规定的条款可能仍然有效：
- 药品区域代理协议中，除了可能违反反垄断法的条款外，还可能包含其他不违反法律规定的条款，如代理权限、代理期限、代理费用等。这些条款若不违反法律强制性规定和公序良俗，则可能仍然有效。
- 例如，协议中约定的代理期限、代理费用支付方式等，若不涉及垄断行为，则这些条款可能继续有效。
协议部分无效不影响其他部分的效力：
- 根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，民事法律行为部分无效，不影响其他部分效力的，其他部分仍然有效。因此，若药品区域代理协议中部分条款因违反反垄断法而无效，不影响协议其他部分的效力。
三、法律建议与后果
审查协议条款：
- 在签订药品区域代理协议前，双方应仔细审查协议条款，确保不包含违反反垄断法的条款。可以寻求专业律师的帮助，对协议进行合法性审查。
承担法律责任：
- 若协议中的垄断条款被认定为无效，且双方因此产生纠纷，则可能面临法律责任。例如，反垄断执法机构可能对违反反垄断法的行为进行处罚，包括罚款、没收违法所得等。
- 此外，若因垄断行为给消费者或其他经营者造成损失，还可能面临民事赔偿责任。
合规经营的重要性：
- 药品行业作为民生领域的重要组成部分，其市场竞争秩序受到严格监管。经营者应遵守反垄断法等法律法规，确保合规经营，避免因违反法律规定而承担法律责任。
案例参考：
- 上海市市场监管局曾对上海信谊联合医药药材有限公司、河南润弘制药股份有限公司与成都汇信医药有限公司达成并实施垄断协议作出行政处罚决定。该案中，三家公司因达成横向垄断协议（包括固定价格、分割市场等）被处罚，体现了反垄断法对药品行业垄断行为的严厉打击。
总结与建议：
- 药品区域代理协议若违反反垄断法，则违反法律规定的相关条款无效。双方应审查协议条款，确保合规经营，避免承担法律责任。若对协议条款的合法性存在疑问，可以向我咨询，以获取专业法律意见。