公司运营后写的持股协议，在符合法律规定且不存在无效情形的情况下，是有效的。以下从不同角度为您详细分析：
一、持股协议的有效性基础
意思表示真实：持股协议作为合同的一种，其有效性首先要求双方（或多方）的意思表示真实。即各方在签订协议时，均是基于自愿、平等、公平的原则，且对协议内容有充分的理解和认识。
内容合法合规：持股协议的内容必须符合法律法规的规定，不得违反国家强制性规定或公序良俗。例如，协议中不得约定非法转移公司资产、逃避税收等违法内容。
形式要件：虽然持股协议不一定需要采用特定的形式（如书面形式），但为了证明协议的存在及其内容，通常建议采用书面形式，并由各方签字或盖章确认。
二、可能影响持股协议有效性的情形
无民事行为能力人或限制民事行为能力人签订：如果持股协议的一方是无民事行为能力人或限制民事行为能力人，且未经其法定代理人同意或追认，则该协议可能无效。
恶意串通损害他人利益：如果持股协议的各方恶意串通，损害国家、集体或第三人的利益，则该协议可能被认定为无效。
以合法形式掩盖非法目的：如果持股协议表面上合法，但实际上是为了掩盖非法目的（如洗钱、逃税等），则该协议可能无效。
三、持股协议有效性的法律后果
对内效力：有效的持股协议对签订协议的各方具有约束力，各方应当按照协议约定履行各自的义务。如果一方违反协议约定，另一方有权要求其承担违约责任。
对外效力：持股协议的有效性和内容，在符合法律法规和公司章程规定的前提下，通常也会对公司外部的第三人产生一定的法律效果。例如，在股权转让时，受让方可能会要求查看持股协议以确认转让方的股权比例和权利义务。
四、建议
在签订持股协议前：建议各方充分了解协议内容，确保意思表示真实，且协议内容合法合规。如有必要，可以聘请专业律师进行审查。
在签订持股协议后：建议各方妥善保管协议原件，并按照协议约定履行各自的义务。如发生争议，应及时协商解决或寻求法律途径解决。
如果您在公司运营过程中遇到了持股协议方面的法律问题，或者对持股协议的有效性有疑问，可以直接向我咨询。我会根据您的具体情况，为您提供专业的法律意见和解决方案。