员工以个人原因主动辞职，但单位存在拖欠工资的情况，员工仍有权获得经济补偿。以下是对此问题的详细分析：
一、法律依据
根据《中华人民共和国劳动合同法》第三十八条和第四十六条的规定：
- 第三十八条：用人单位有下列情形之一的，劳动者可以解除劳动合同：（二）未及时足额支付劳动报酬的。
- 第四十六条：有下列情形之一的，用人单位应当向劳动者支付经济补偿：（一）劳动者依照本法第三十八条规定解除劳动合同的。
这意味着，当公司拖欠员工工资时，员工有权选择解除劳动合同，并且在此情况下，公司应当向员工支付经济补偿。
二、经济补偿的计算方式
经济补偿的计算通常依据劳动者在本单位工作的年限，具体标准如下：
- 每满一年支付一个月工资的标准向劳动者支付。
- 六个月以上不满一年的，按一年计算；不满六个月的，向劳动者支付半个月工资的经济补偿。
这里的“月工资”是指劳动者在劳动合同解除或者终止前十二个月的平均工资。如果劳动者月工资高于用人单位所在直辖市、设区的市级人民政府公布的本地区上年度职工月平均工资三倍的，向其支付经济补偿的标准按职工月平均工资三倍的数额支付，向其支付经济补偿的年限最高不超过十二年。
三、实际操作中的注意事项
- 保留证据：员工在提出辞职并主张经济补偿前，应确保有充分的证据证明公司存在拖欠工资的行为。这包括但不限于工资条、银行流水记录、与公司沟通的记录（如邮件、短信、录音等）。
- 书面通知：员工应以书面形式向公司提出辞职，并在通知中明确说明辞职的原因是由于公司拖欠工资。这样做有助于在后续的法律程序中证明员工的辞职行为是合法的，并且是基于公司拖欠工资这一事实。
- 协商与仲裁：在提出辞职后，员工可以尝试与公司进行协商，看是否能够就经济补偿等问题达成一致。如果协商无果，员工可以向当地的劳动人事争议仲裁委员会提起仲裁申请，要求公司支付拖欠的工资及相应的经济补偿。
四、特殊情况说明
- 如果员工在离职申请中写明因个人原因离职，但实际离职原因是由于公司拖欠工资，员工仍可以主张经济补偿。不过，员工需要提供充分的证据证明其真实的离职原因，如录音、聊天记录等，以推翻离职申请中写明的个人原因。
- 法院在审理此类案件时，会综合考虑双方提供的证据，判断员工的离职原因。如果员工能够证明其离职是由于公司拖欠工资，法院通常会支持员工要求经济补偿的诉求。
建议：在处理此类纠纷时，员工应咨询专业律师，以确保自己的权益得到充分保障。如果你有进一步的法律问题，可以直接向我咨询，我会为你提供详细的法律解答。