在道路交通事故中，当电瓶车负主要责任而机动车负次要责任时，关于机动车的保险公司赔付比例，这通常遵循一定的法律原则和行业惯例。以下是对此问题的详细解答：
一、赔偿比例划分的基本原则
在机动车与非机动车（如电瓶车）发生的交通事故中，赔偿比例的划分主要依据《中华人民共和国道路交通安全法》及相关司法实践。一般来说：
- 机动车一方负主要责任：通常承担70%的赔偿责任，但在此案例中，电瓶车负主要责任，所以这一比例不直接适用。不过，它为我们提供了一个参考框架，即主要责任方通常承担较大比例的赔偿责任。
- 机动车一方负次要责任：在电瓶车负主要责任的情况下，机动车一方作为次要责任方，通常承担30%的赔偿责任。这一比例是基于事故责任划分和公平原则来确定的。
二、赔偿流程与保险公司赔付
交强险先行赔付：
- 无论事故责任如何划分，机动车的交强险都应在责任限额内先行赔付给受害人（包括电瓶车驾驶人或行人）。交强险的赔付范围通常包括医疗费用、死亡伤残赔偿和财产损失等。
超出交强险部分的赔付：
- 超出交强险责任限额的部分，将根据事故责任比例由各方分担。在此案例中，由于电瓶车负主要责任，机动车一方作为次要责任方，将承担超出交强险部分30%的赔偿责任。这部分赔偿通常由机动车的商业第三者责任险来承担。
保险公司赔付流程：
- 事故发生后，机动车驾驶人应立即报警并通知保险公司。
- 保险公司将派员进行现场勘查，并确定事故责任和损失情况。
- 根据事故责任比例和保险合同条款，保险公司将计算并支付赔款。
三、特殊情况与注意事项
- 非机动车故意碰撞：如果电瓶车驾驶人故意碰撞机动车造成事故，机动车一方不承担赔偿责任。这一规定旨在防止恶意碰瓷等行为。
- 证据提供：在索赔过程中，当事人应提供充分的证据证明自己的损失和责任比例，包括但不限于事故认定书、医疗费用票据、收入证明等。这些证据将有助于保险公司准确计算赔款金额。
- 协商与诉讼：对于赔偿金额和比例存在争议的，双方应首先尝试通过协商解决。协商不成时，可依法向人民法院提起诉讼，由法院根据事实和法律作出判决。
四、结论
综上所述，在道路交通事故中，当电瓶车负主要责任而机动车负次要责任时，机动车的保险公司通常将承担超出交强险责任限额部分30%的赔偿责任。这一比例是基于事故责任划分和公平原则来确定的，并受到相关法律法规的约束。当事人在处理此类事故时应保持冷静，遵循法定程序，并提供充分的证据来支持自己的主张。同时，及时咨询专业律师或保险顾问也是维护自身合法权益的重要途径。