当被告出具银行流水证明称已还款时，作为原告，你可以从以下几个方面进行应对，以维护自己的合法权益：
一、审查流水真实性
申请法院调查令：你可以向法院申请调查令，要求银行提供该流水的详细信息，包括交易时间、金额、交易双方等，以核实流水的真实性。
对比银行记录：如果你自己有该银行的账户或交易记录，可以对比被告提供的流水与你的记录，看是否存在不一致或可疑之处。
二、判断流水关联性
结合聊天记录等证据：查看被告提供的流水款项是否就是案涉款项。你可以结合双方的聊天记录、借条约定等，看转账备注、时间等是否能对应上。
提供反证：如果被告转账后你又有转回的行为，或者该转账是基于其他交易往来（如买卖合同、合作协议等），并非还款，你需要提供相应证据来证明这一点。
三、综合全案证据进行反驳
组织证据链：你需要组织好己方的证据链，包括但不限于借条、聊天记录、转账记录（除被告提供的流水外）、还款协议等，以增强说服力。
指出流水瑕疵：如果被告提供的流水存在瑕疵，如转账备注不明确、交易对象与案件无关等，你可以指出这些问题来质疑还款的真实性。
证明部分未还：如果流水显示的款项并不能涵盖全部借款金额，你可以证明存在部分借款未还的情况。
四、应对特殊情况
异常流水分析：如果流水存在异常，如频繁的小额转账后又大额转回，这可能存在资金转移或其他猫腻。你需要进一步深入调查分析，并可能要求法院进行更详细的审查。
第三方代为还款核实：如果被告称是通过第三方代为还款，你需要核实第三方的身份及与被告的关系，看是否存在串通的可能。你可以要求第三方提供还款证明或出庭作证。
五、法律途径解决
如果双方对还款事实存在分歧，且无法通过证据清楚地判断，你可以依据当初的借款合同等相关证据，向法院提起诉讼或继续诉讼。在诉讼中，要求被告就还款情况进行举证，证明其已足额、合规还款。法院会根据双方提供的证据，依据相关法律法规进行审理和裁判，以确定双方的权利义务关系。
总之，当被告出具银行流水证明称已还款时，你需要保持冷静，仔细审查流水的真实性和关联性，并综合全案证据进行反驳。如果必要，可以通过法律途径来解决争议。