正在诉讼中的公司原则上不可以申请撤销工商登记，这主要是为了保护债权人或其他诉讼相关方的合法权益，并确保诉讼程序的正常进行。以下从不同角度进行详细分析：
一、法律规定与实际操作
法律依据：根据《中华人民共和国公司法》及相关司法解释，公司必须经过依法清算后，才能向公司登记机关申请办理注销登记（撤销工商登记的一种形式）。若公司未经依法清算即办理注销登记，导致公司无法进行清算，债权人有权主张有限责任公司的股东、股份有限公司的董事和控股股东，以及公司的实际控制人对公司债务承担清偿责任。这表明，法律严格禁止公司通过恶意注销来逃避诉讼责任。
实际操作要求：在申请注销登记时，市场监督管理部门通常要求公司提交清算报告，以证明公司已经对债权债务进行了清理。然而，在诉讼过程中，公司的债权债务尚处于司法审查和判定阶段，难以完成合法有效的清算。因此，从实际操作角度看，处于诉讼中的公司不符合注销登记的条件。
二、诉讼期间注销登记的问题
无法合理清算和处理债权债务：公司在诉讼过程中，其债权债务关系尚未明确。此时进行注销登记，将无法保证对这些债权债务关系进行合理的清算和处理，极易导致债权人的权益受到损害。这不仅违反了公平原则，也可能引发更多的法律纠纷。
可能面临法律制裁：如公司在诉讼过程中未经清算即办理注销登记，根据相关法律规定，有限责任公司的股东、股份有限公司的董事和控股股东，以及公司的实际控制人可能需要对公司债务承担清偿责任。此外，若股东或第三人在公司登记机关办理注销登记时承诺对公司债务承担责任，债权人也有权主张其对公司债务承担相应民事责任。
诉讼程序受影响：根据我国《民事诉讼法》的相关规定，若在诉讼过程中的某一方当事人（如公司等法人实体）出现终止状况，而其权利及义务的承受者尚未明确确定，法院将中止诉讼进程。这意味着，如果公司在诉讼过程中注销且权利义务承受者未确定，诉讼程序将被迫中断，待承受者明确或公司清算完毕后，再视情况决定是否恢复诉讼。这不仅浪费了司法资源，也延长了诉讼周期。
三、特殊情况下的处理
尽管公司在诉讼过程中原则上不能进行注销登记，但存在特殊情况。如果公司与相关诉讼方达成一致解决方案，比如通过和解协议妥善处理了诉讼涉及的债权债务等问题，并且完成了法定的清算程序，这时可以依法进行注销登记。但这种情况必须确保所有债权债务已经得到妥善处理，且符合相关法律法规的要求。
四、建议与风险提示
建议：公司应当在诉讼结束、清算完成并处理好债权债务关系后，再按照法定程序申请注销登记。这样可以避免因注销行为导致的法律风险和诉讼程序的中断。
风险提示：如果公司在诉讼过程中擅自注销登记，可能会面临法律制裁和声誉损失。同时，相关责任人还可能因恶意逃避债务等行为而承担个人责任。
综上所述，正在诉讼中的公司原则上不可以申请撤销工商登记。如果您或您的公司面临类似问题，建议直接向我咨询，以便获得更具体、更专业的法律建议。