结论前置：若民间借贷调解后原告对被告证据有疑惑，可通过申请查阅证据材料、申请重新质证、申请司法鉴定、提出书面异议以及申请撤销调解协议等途径解决。以下是具体分析：

1. 申请查阅证据材料
   根据《民事诉讼法》及相关司法解释，当事人有权在诉讼过程中查阅、复制与案件有关的证据材料。若调解阶段未充分审查证据，原告可向法院提交书面申请，要求查阅被告提交的证据原件或复制件。法院通常会安排时间让当事人核对证据，并记录在案。此过程需注意证据的保密性，涉及商业秘密或个人隐私的证据可能受限。

2. 申请重新质证
   若调解时未对关键证据进行充分质证，原告可在调解协议生效前向法院提出重新质证的申请。根据《最高人民法院关于民事诉讼证据的若干规定》，法院认为必要时可组织双方对争议证据再次质证。例如，若被告提供的借条存在涂改痕迹，或转账记录与陈述不符，原告可要求被告当庭说明并提交补充证据。

3. 申请司法鉴定
   对涉及专业问题的证据（如借条签名真伪、转账时间与金额的准确性），原告可申请司法鉴定。根据《民事诉讼法》第81条，当事人可就查明事实的专门性问题向法院申请鉴定。鉴定费用通常由申请方预交，最终根据责任分担。若鉴定结果证明证据存在瑕疵，可能直接影响调解协议的效力。

4. 提出书面异议
   原告可向法院提交书面异议，详细说明对证据的质疑点及理由。例如，若被告主张的还款记录与原告实际收款情况不符，原告需提供银行流水、聊天记录等反证。法院会结合双方证据及陈述，判断异议是否成立。若异议成立，可能要求被告补充证据或直接否定其主张。

5. 申请撤销调解协议
   若调解协议存在重大误解、显失公平或证据造假等情形，原告可在调解书送达后1年内向法院申请撤销。根据《民法典》第151条，一方利用对方处于危困状态、缺乏判断能力等情形，致使民事法律行为成立时显失公平的，受损害方有权请求法院撤销。此途径需原告承担举证责任，证明调解过程存在违法或不当行为。

行动建议：

• 立即整理对证据的质疑点，形成书面材料；
  
• 优先通过法院申请查阅或质证，避免直接与对方冲突；
  
• 若证据问题可能影响调解结果，及时委托律师介入，制定应对策略。
  

风险提示：调解协议经双方签字确认后具有法律效力，单方反悔需承担违约责任。因此，在调解阶段务必充分审查证据，必要时可要求法院出具调解书前再次核对材料。