早餐店被扣走一包蛋白糖是否违法，需视具体情况而定。以下从不同角度进行分析：

一、行政执法角度

1. 合法扣押情形：

   • 如果扣走蛋白糖的是相关行政执法部门（如市场监督管理局），且该部门在执法过程中发现早餐店存在违法行为（如使用非法添加剂、销售过期食品等），且蛋白糖作为违法证据或违禁物品被依法扣押，那么这种扣押行为是合法的。
   • 行政执法部门在扣押物品时，应当出示执法证件，并告知当事人扣押的理由和依据，同时应当制作扣押清单，由当事人签字确认。

2. 违法扣押情形：

   • 如果扣押行为没有合法的执法依据，或者执法部门在扣押过程中未遵循法定程序（如未出示执法证件、未制作扣押清单等），那么这种扣押行为可能是违法的。
   • 此外，如果扣押的蛋白糖并非违法证据或违禁物品，而是早餐店的合法财产，且没有合法的扣押理由，那么扣押行为也构成违法。

二、民事侵权角度

1. 合法扣押与民事侵权的关系：

   • 即使扣押行为在行政执法层面是合法的，但如果扣押过程中造成了早餐店不必要的财产损失（如蛋白糖损坏、过期等），且该损失并非由早餐店的违法行为直接导致，那么早餐店可能有权要求扣押部门承担相应的民事赔偿责任。

2. 非法扣押的民事侵权责任：

   • 如果扣押行为本身是违法的，那么扣押人（无论是个人还是单位）应当承担民事侵权责任，包括赔偿早餐店因扣押行为所遭受的直接和间接损失。

三、建议与措施

1. 核实扣押主体与程序：

   • 早餐店应当首先核实扣押蛋白糖的主体是否为合法的行政执法部门，并确认扣押程序是否合法。

2. 要求说明扣押理由与依据：

   • 早餐店有权要求扣押部门说明扣押的理由和依据，并可以要求查看相关的执法文书和扣押清单。

3. 寻求法律救济：

   • 如果早餐店认为扣押行为违法或造成了不必要的损失，可以寻求法律救济，包括向相关部门投诉、申请行政复议或提起行政诉讼等。
   • 在民事方面，如果扣押行为构成了民事侵权，早餐店也可以考虑向法院提起民事诉讼，要求扣押人承担相应的民事赔偿责任。

如有任何法律疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。我将根据您的具体情况，提供更为详细和专业的法律建议。