刑事案件中的痕迹鉴定费用，一般由申请人预付，判决生效后由应当承担诉讼费用的当事人承担。具体分析如下：

一. 鉴定费用的承担原则

• 在刑事诉讼程序中，鉴定费用的承担通常遵循“谁申请，谁预付”的原则。即，如果鉴定是由当事人提出并申请的，那么人民法院有权决定是否让申请人预先支付相关费用。
• 判决生效后，鉴定费用由应当承担诉讼费用的当事人承担。这一制度设计体现了公正性和高效性的原则。

二. 具体承担情况

1. 侦查与起诉阶段：倘若鉴定工作是由公安部门或人民检察院在案件的侦查与起诉阶段进行的，那么相关的费用通常会由国家财政来承担。
2. 审判阶段：案件进入到审判环节之后，若法院依据自身权力主动发起鉴定行为，那么由此产生的费用同样将由国家来承担。
3. 当事人申请：如果鉴定是由当事人提出并申请的，申请人需要预付鉴定费用。最终，这部分费用可能会由败诉的一方承担。

三. 法律依据

• 根据《最高人民法院关于适用〈中华人民共和国刑事诉讼法〉的解释》第一百四十二条：“人民法院受理案件后，对需要进行司法鉴定的，应当委托法定鉴定机构进行。鉴定费用由申请人预付；判决生效后，由应当承担诉讼费用的当事人承担。”

综上所述，刑事案件中的痕迹鉴定费用，一般由申请人预付，并在判决生效后由应当承担诉讼费用的当事人承担。这一规定既保证了鉴定的公正性，也体现了诉讼费用的合理分担。如有进一步需要，您可以继续咨询我。