结论：学校能否在学生毕业后因其实习期犯罪而开除学籍或取消毕业资格，需视具体情况而定，主要取决于学校规章制度、学生行为性质及时间因素。
一、学校规章制度
规章制度内容：
- 学校通常会在其规章制度中明确规定学生违纪行为的处理方式，包括但不限于开除学籍、取消毕业资格等。
- 这些规章制度需符合法律法规的要求，不得侵犯学生的合法权益。
规章制度适用性：
- 若学校规章制度中明确规定了学生在实习期间犯罪的处理方式，且该规定不违反法律法规，则学校有权依据该规定进行处理。
- 但若规章制度中未明确规定或规定不明确，学校则需谨慎处理，避免侵犯学生权益。
二、学生行为性质
犯罪行为的严重性：
- 学生实习期犯罪的性质和严重程度是影响学校处理决定的重要因素。
- 若犯罪行为严重，如涉及暴力、诈骗等，学校可能更倾向于采取严厉措施。
犯罪行为与学校教育的关联性：
- 若犯罪行为与学校教育、管理直接相关，如学术不端、违反校规等，学校可能更有理由进行处理。
- 但若犯罪行为与学校教育无直接关联，如个人生活中的违法行为，学校处理时则需更加谨慎。
三、时间因素
犯罪行为发生时间：
- 学生实习期犯罪，但学校当时不知情，过了几年毕业后才知道。这种情况下，时间因素成为影响学校处理决定的重要因素。
- 一般来说，学校对学生行为的处理应具有时效性，即应在发现学生违纪行为后及时处理。
毕业后的处理可能性：
- 若学校在学生毕业后才发现其实习期犯罪，且该行为未在学校规章制度中明确规定为可追溯处理的行为，则学校可能难以直接开除学籍或取消毕业资格。
- 但若学校能证明该行为对学生声誉、学校形象造成严重影响，或该行为违反了学校的基本教育原则，学校仍可能采取一定措施，如公开谴责、撤销相关荣誉等。不过，这些措施通常不包括直接开除学籍或取消毕业资格。
四、法律建议
审查学校规章制度：
- 学生应首先审查学校的规章制度，了解其中关于学生违纪行为的处理规定。
- 若规章制度中未明确规定或规定不明确，学生可向学校提出异议，要求学校依据法律法规和公平原则进行处理。
寻求法律援助：
- 若学生认为学校的处理决定侵犯了其合法权益，可寻求法律援助，通过法律途径维护自己的权益。
- 在此过程中，学生应保留相关证据，如犯罪记录、学校处理决定等，以便在需要时提供证明。
与学校协商：
- 在可能的情况下，学生可尝试与学校进行协商，寻求双方都能接受的解决方案。
- 协商过程中，学生应保持冷静和理性，避免情绪化行为影响协商结果。
总结：学校能否在学生毕业后因其实习期犯罪而开除学籍或取消毕业资格，需综合考虑学校规章制度、学生行为性质及时间因素。学生应了解自己的权益和义务，积极与学校沟通并寻求法律援助以维护自己的合法权益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。