行政机关出具的不予受理的证明，其有效性需结合具体情况判断，不能一概而论。以下从不同角度进行分析：

一、证明内容合法且程序合规时有效

1. 法律依据充分：若行政机关出具的不予受理证明，是基于明确的法律法规或规章，且该证明内容与法律条文相符，那么该证明在法律上是有效的。例如，根据《行政许可法》的相关规定，如果申请事项不属于行政许可范围，或者申请人不符合法定条件，行政机关可以出具不予受理的证明。

2. 程序合规：行政机关在出具不予受理证明时，必须遵循法定的程序。这包括告知申请人不予受理的理由、依据，以及申请人享有的复议或诉讼权利等。如果行政机关在出具证明时违反了法定程序，如未告知申请人相关权利，那么该证明可能因程序违法而无效。

二、证明内容违法或程序违规时无效

1. 法律依据不足或错误：如果行政机关出具的不予受理证明缺乏明确的法律依据，或者引用的法律条文错误，那么该证明在法律上是无效的。例如，行政机关以不存在的法律条文为依据出具不予受理证明，显然是不合法的。

2. 程序严重违规：行政机关在出具不予受理证明时，如果严重违反了法定程序，如未进行必要的调查、未听取申请人的陈述和申辩等，那么该证明也可能因程序违法而无效。在这种情况下，申请人有权通过行政复议或行政诉讼等途径，要求撤销该证明。

三、特殊情况下的有效性判断

1. 证明内容存在瑕疵但不影响实质权利：在某些情况下，行政机关出具的不予受理证明可能存在一些瑕疵，如文字表述不准确、格式不规范等。如果这些瑕疵并不影响证明的实质内容，即不影响申请人对不予受理决定的理解和接受，那么该证明在法律上可能仍然被视为有效。但申请人有权要求行政机关进行更正或补充。

2. 证明被后续法律行为所改变：如果行政机关出具的不予受理证明在后续被新的法律行为所改变，如行政机关重新受理了申请并作出了新的决定，那么原不予受理证明自然失效。在这种情况下，申请人应关注后续的法律行为，并根据新的决定来行使自己的权利。

法律建议：

• 如果您对行政机关出具的不予受理证明有异议，首先应仔细审查证明的内容和程序，判断其是否合法合规。
• 如果认为证明存在违法或违规情况，您可以通过行政复议或行政诉讼等途径来维护自己的合法权益。
• 在处理此类问题时，建议您咨询专业律师，以获取更具体、更专业的法律建议。

可能法律后果：

• 如果行政机关出具的不予受理证明被认定为无效，那么行政机关可能需要重新受理申请并作出新的决定。
• 如果申请人因行政机关的错误决定而遭受了损失，申请人有权要求行政机关进行赔偿。