在履行合同过程中，如发现违法行为，应首先判断违法行为的性质及后果，然后依据相关法律法规采取相应的处理措施。
一. 分析违法行为的性质及后果
- 轻微违法：如合同中的某些条款违反了行政法规或部门规章，但并未造成严重后果的，可能属于轻微违法。
- 严重违法：如合同涉及刑事犯罪，如诈骗、贪污等，或违反了国家强制性法律法规，造成了严重后果的，则属于严重违法。
二. 依据法律法规采取处理措施
对于轻微违法：
- 协商解决：首先，双方可以尝试通过协商的方式解决，对违法条款进行修正或废除，以符合法律法规的要求。
- 请求变更或解除合同：根据《民法典》第五百三十三条，如合同成立后，合同的基础条件发生了当事人在订立合同时无法预见的、不属于商业风险的重大变化，继续履行合同对于当事人一方明显不公平的，受不利影响的当事人可以与对方重新协商；在合理期限内协商不成的，当事人可以请求人民法院或者仲裁机构变更或者解除合同。
对于严重违法：
- 合同无效：根据《民法典》第一百五十三条，违反法律、行政法规的强制性规定的民事法律行为无效。因此，如合同内容严重违法，该合同可能被视为无效合同。
- 承担法律责任：违法方可能需承担民事责任，如赔偿损失等；如涉及刑事犯罪，还需承担刑事责任。
- 举报与查处：任何单位和个人发现违法行为，都有权向相关执法部门举报。执法部门在接到举报后，应进行查处，并根据违法情况给予相应的行政处罚或刑事追究。
三. 实例说明
- 例如，甲乙双方在合同中约定，甲方需向乙方提供一批未经国家相关部门审批的药品。此行为违反了国家关于药品管理的法律法规，属于严重违法。在此情况下，该合同可能被视为无效，甲方需承担赔偿乙方损失等民事责任，并可能受到相关执法部门的行政处罚。
我建议，在履行合同过程中，如发现违法行为，应及时与对方沟通，协商解决方案。如无法协商或违法行为严重，应及时向相关执法部门举报，以维护自身合法权益和社会秩序。如有进一步需要，您可以继续咨询我。