住房公寓宠物协议是否合法，需结合具体情况判断，但通常来说，若协议内容不违反法律法规的强制性规定，且是双方真实意思的表示，则该协议是合法的。以下从不同角度为您详细分析：

协议合法性的基础

1. 意思自治原则：在民事法律关系中，双方当事人有权在平等、自愿的基础上，就相关事宜达成协议。住房公寓宠物协议，若是在租客与房东或公寓管理方平等协商、自愿签署的情况下形成的，且协议内容不违反法律法规的强制性规定，那么该协议是具有法律效力的。

2. 法律法规的遵循：协议的内容必须符合国家法律法规的规定，不得含有违法或侵犯他人合法权益的条款。例如，协议中不能规定禁止租客饲养法律法规允许饲养的宠物种类，或者设定不合理的宠物饲养条件等。

协议合法性的具体考量

1. 公寓管理规定：公寓作为一个集体居住的场所，为了维护公共秩序、环境卫生和其他居民的权益，往往会制定一些管理规定，包括对宠物饲养的限制或禁止。这些规定若经过合法程序制定，并告知了租客，那么租客在签署租赁合同时，就视为接受了这些规定。因此，若宠物协议是基于公寓管理规定而制定的，且内容合理合法，那么该协议是合法的。

2. 租赁合同的约定：在租赁合同中，房东或公寓管理方可以与租客就宠物饲养事宜进行约定。这种约定可以是允许饲养特定种类的宠物，也可以是禁止饲养任何宠物。只要这种约定是双方真实意思的表示，且不违反法律法规的强制性规定，那么该约定就是有效的。

3. 地区性法规的考量：不同地区可能对宠物饲养有不同的规定。例如，有些地区可能对宠物种类、数量、饲养方式等有具体要求。因此，在制定住房公寓宠物协议时，必须考虑当地的相关法规，确保协议内容符合法规要求。

协议不合法或存在争议的情况

1. 协议内容违法：若协议中规定了违法或侵犯他人合法权益的条款，如禁止饲养法律法规允许饲养的宠物种类，或者设定不合理的宠物饲养条件等，那么该协议或相关条款是无效的。

2. 协议签署过程存在瑕疵：若协议是在一方被胁迫、欺诈或重大误解的情况下签署的，那么该协议可能被撤销或认定为无效。

3. 地区性法规的限制：若当地法规对宠物饲养有特定要求，而协议内容未遵循这些要求，那么该协议可能因违反法规而无效。

建议

• 在签署住房公寓宠物协议前，务必仔细阅读协议内容，确保自己能够接受并遵守协议中的各项规定。
• 若对协议内容有疑问或不满，应及时与房东或公寓管理方沟通协商，寻求合理的解决方案。
• 若认为协议内容违法或侵犯了自己的合法权益，可以寻求法律途径解决，如向相关部门投诉或提起诉讼等。

希望以上分析能对您有所帮助。若您在住房公寓宠物协议方面还有其他疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。