针对您提出的问题“医务室医生有资格证但是学校未办理营业执照，医生违法吗”，我们可以从以下几个方面进行详细分析：

首先，我们需要明确的是，医生个人拥有医师资格证是从事医疗活动的必要条件，但并非充分条件。医师资格证证明了医生具备从事医疗活动的专业知识和技能，然而，要合法地开展医疗活动，还需要满足其他法律要求，其中之一就是医疗机构必须取得相应的执业许可证或营业执照。

接下来，我们分析学校医务室未办理营业执照的情况。根据相关法律法规，任何单位或个人在未取得营业执照或相关执业许可的情况下，擅自开展医疗活动，都属于无证无照经营行为。这种行为不仅违反了市场管理法规，也可能对患者的健康和安全构成威胁。

现在，我们回到问题本身：医生是否违法？

1. 从医生个人角度：如果医生仅持有医师资格证，但并未参与或知晓学校医务室未办理营业执照的情况，且其个人行为完全符合医疗规范，那么医生个人可能并不直接构成违法。然而，如果医生明知学校医务室未办理营业执照仍继续执业，或者其执业行为存在违规，那么医生也可能面临相应的法律责任。

2. 从学校医务室角度：学校作为医务室的设立者和管理者，有责任确保医务室合法运营，包括办理必要的营业执照和执业许可。如果学校未办理这些手续，那么学校将承担主要的法律责任。

3. 综合判断：在大多数情况下，医生个人是否违法取决于其是否知晓并参与了无证无照经营行为。但无论如何，学校作为医务室的设立者，未办理营业执照的行为本身是违法的，且可能对医生和其他人员的执业行为产生负面影响。

建议：

• 对于医生而言，应确保自己的执业行为合法合规，如果发现所在医疗机构存在无证无照经营的情况，应及时向相关部门报告。
• 对于学校而言，应尽快办理医务室的营业执照和相关执业许可，确保医务室的合法运营。
• 对于监管部门而言，应加强对医疗机构的监管力度，及时发现并处理无证无照经营等违法行为。

综上所述，虽然医生个人拥有医师资格证，但如果学校医务室未办理营业执照，且医生参与了无证无照的医疗活动，那么医生也可能面临一定的法律风险。因此，建议各方都应严格遵守相关法律法规，确保医疗活动的合法性和安全性。