公司被保全后，甲方一般不可以直接将款项支付给第三方，除非符合特定条件或得到法院的明确许可。以下是对此问题的详细分析：
一、保全措施的基本含义与影响
保全措施是法院在诉讼过程中，为确保将来判决的顺利执行或避免财产遭受损失，对当事人的财产或争议标的物采取的限制性措施。当公司被保全时，其财产（包括银行账户资金）通常会被法院冻结或查封，以限制其处分权。这意味着，在保全期间，公司不得擅自转移、处分被保全的财产，否则可能面临法律责任。
二、甲方支付款项给第三方的法律限制
保全财产的不可处分性：
- 在保全期间，被保全的财产（如公司银行账户资金）原则上不得被处分，包括支付给第三方。这是为了确保保全措施的有效性，防止被保全人通过转移财产来逃避法律责任。
法院许可的例外情况：
- 如果甲方希望将款项支付给第三方，且该支付行为与保全措施无直接冲突（例如，支付的是与保全无关的款项，或者支付行为得到了法院的明确许可），则可能被允许。但这种情况较为特殊，需要甲方提供充分的证据和理由，并经过法院的严格审查。
三、可能面临的法律后果
违反保全措施的法律责任：
- 如果甲方在公司被保全期间，未经法院许可擅自将款项支付给第三方，可能构成对保全措施的违反。根据相关法律规定，甲方可能面临罚款、拘留等法律责任，甚至可能被追究刑事责任（在情节严重的情况下）。
对诉讼结果的影响：
- 违反保全措施的行为还可能对诉讼结果产生不利影响。例如，如果甲方因擅自支付款项而导致被保全财产减少，可能影响将来判决的执行，进而损害甲方的合法权益。
四、建议与措施
咨询法院意见：
- 在公司被保全期间，如果甲方有支付款项给第三方的需求，建议首先咨询法院的意见。法院可以根据具体情况，判断支付行为是否合法、合规，并给出相应的指导。
提供充分证据和理由：
- 如果甲方认为支付行为是必要的，且不会损害被保全人的合法权益，应提供充分的证据和理由来支持其主张。这有助于增加法院许可支付行为的可能性。
遵守法律程序：
- 在任何情况下，甲方都应遵守法律程序，不得擅自处分被保全的财产。如果需要支付款项给第三方，应确保该支付行为符合法律规定，并得到法院的明确许可。
如有具体法律问题或需要进一步的法律建议，请直接向我咨询。我将根据您的具体情况，提供专业、全面的法律服务。