在项目质疑期间，如果质疑事项可能影响中标、成交结果，那么不建议签订合同；若质疑事项不影响中标、成交结果，则可以在回复质疑后签订合同。以下是对此问题的详细分析：
一、质疑事项可能影响中标、成交结果的情况
法律依据：
- 根据《政府采购法实施条例》第五十四条：“询问或者质疑事项可能影响中标、成交结果的，采购人应当暂停签订合同，已经签订合同的，应当中止履行合同。”
法律后果：
- 如果在质疑期间签订了合同，而后续质疑被证实成立且影响了中标、成交结果，那么这份合同可能会面临被撤销或无效的风险。这不仅会给采购人带来法律纠纷，还可能造成经济损失和声誉损害。
建议：
- 在质疑事项可能影响中标、成交结果的情况下，采购人应暂停签订合同，等待质疑处理完毕后再做决定。
二、质疑事项不影响中标、成交结果的情况
法律依据：
- 虽然《政府采购法实施条例》第五十四条主要规定了质疑事项可能影响中标、成交结果时的处理方式，但并未明确禁止在质疑事项不影响中标、成交结果时签订合同。
- 此外，根据《政府采购质疑和投诉办法》(财政部令第94号)第十六条规定，如果采购人、代理机构认为供应商质疑成立，但未对中标、成交结果构成影响的，可以继续开展采购活动，这间接表明在不影响结果的情况下，合同签订不受质疑期间限制。
实际操作：
- 在实际操作中，如果质疑事项确实不影响中标、成交结果，且采购人已经对质疑进行了充分回复和解释，那么可以在回复质疑后签订合同。
建议：
- 即便质疑事项不影响中标、成交结果，采购人在签订合同前也应确保所有程序合法合规，避免因程序瑕疵而引发后续纠纷。
三、综合建议
谨慎处理：
- 在项目质疑期间，采购人应谨慎处理合同签订事宜。如果质疑事项可能涉及中标、成交结果的公正性或合法性，那么最好等待质疑处理完毕后再签订合同。
完善程序：
- 无论是否在质疑期间签订合同，采购人都应确保采购程序合法合规，包括招标文件的编制、投标人的资格审查、评标过程的公正性等。
及时沟通：
- 如果在质疑期间需要签订合同，采购人应与质疑人进行及时沟通，解释合同签订的必要性和合法性，以避免不必要的误解和纠纷。
在实际操作中，如果遇到具体问题或需要进一步的法律指导，可以直接向我咨询，我会根据你的具体情况提供专业的法律意见。