亲子鉴定可以与父亲、母亲中的一方（二联体鉴定）或者父母双方（三联体鉴定）一起做。以下是对这一问题的详细解答：

一、亲子鉴定的基本类型

亲子鉴定主要分为两种类型：二联体鉴定和三联体鉴定。

1. 二联体鉴定：指的是父母中的一方（父亲或母亲）与孩子之间的鉴定。这种鉴定方式适用于只需要确认单一方与孩子关系的情况。例如，如果母亲对试管婴儿的身份有所疑虑，她可以选择只与孩子进行鉴定，以确认亲子关系。同样，如果父亲对孩子的身份有疑问，也可以选择与孩子进行二联体鉴定。

2. 三联体鉴定：指的是父母双方与孩子共同进行的鉴定。这种方式更全面，因为它能同时确认父亲和母亲与孩子之间的亲子关系。通常在上户口、继承权确认等需要全面证明亲子身份的场合，会要求进行三联体鉴定。

二、选择亲子鉴定方式的考虑因素

1. 鉴定目的：如果只是为了确认父亲或母亲中的一方与孩子的关系，那么选择二联体鉴定即可。如果需要全面确认家庭成员的关系，或者法律程序要求提供父母与孩子三人之间的亲子关系证明，那么三联体鉴定可能是更合适的选择。

2. 实际情况：在某些特殊情况下，如孩子可能是通过试管婴儿等方式出生，母亲可能更希望确认自己与孩子的关系，这时可以选择与孩子进行二联体鉴定。而在其他情况下，如父亲对孩子的身份有严重疑问，且可能涉及法律纠纷，那么三联体鉴定可能更为必要。

三、实际应用中的注意事项

1. 遵循法律程序：在进行亲子鉴定时，应遵循相关法律程序和要求。例如，在某些法律程序中，如上户口、继承权确认等，户籍部门或法院可能会要求提供父母与孩子三人之间的亲子关系证明，这时就需要进行三联体鉴定。

2. 保护个人隐私：亲子鉴定涉及个人隐私，应确保鉴定过程的安全性和保密性。选择正规的亲子鉴定机构，并遵循其规定的鉴定流程和保密措施。

3. 理性对待鉴定结果：无论鉴定结果如何，都应理性对待。亲子鉴定只是确认生物学关系的一种手段，不能完全代表家庭关系和情感联系。在面对鉴定结果时，应保持冷静和理智，妥善处理家庭关系。

总结来说，亲子鉴定可以与父亲、母亲中的一方或者父母双方一起做，具体选择哪种方式应根据鉴定目的、实际情况以及法律程序的要求来决定。如果您有任何关于亲子鉴定的法律问题或需要进一步的法律建议，请随时向我咨询。