结论：针对您提出的小产权房有了房产证又说不合法能否申请退回合同的问题，这并非一个简单的“是”或“否”的答案，而是需要根据具体情况来综合判断。
一、小产权房与合法房产证的基本概念
首先，我们需要明确小产权房和合法房产证的基本概念。小产权房通常指的是在农村集体土地上建设的房屋，未缴纳土地出让金等费用，其产权证不是由国家房管部门颁发，而是由乡政府或村政府颁发，因此也被称为“乡产权房”。而合法的房产证则是由国家房管部门颁发，证明房屋所有权归属的法定凭证。
二、小产权房取得“房产证”的合法性分析
若“房产证”为非法取得：
- 如果小产权房所谓的“房产证”是通过非法手段（如伪造、变造等）取得的，那么该“房产证”显然不具有法律效力。
- 在此情况下，购房者可以基于合同无效或可撤销的理由，向法院提起诉讼，要求解除购房合同并退回已支付的款项。
若“房产证”为误发或违规发放：
- 如果小产权房的“房产证”是由于相关部门误发或违规发放导致的，那么该“房产证”同样可能被认定为无效。
- 购房者可以与卖方协商，要求解除合同并退回款项；若协商无果，可以向相关部门投诉或向法院提起诉讼。
三、申请退回合同的法律依据与流程
法律依据：
- 根据《民法典》的相关规定，如果合同存在无效或可撤销的情形（如欺诈、胁迫、显失公平等），当事人可以请求法院或仲裁机构撤销合同。
- 在小产权房的情况下，如果“房产证”不合法，那么购房合同可能因违反法律强制性规定而无效。
申请流程：
- 协商：首先尝试与卖方协商，看是否能够达成一致意见，解除合同并退回款项。
- 投诉：如果协商无果，可以向当地房管部门或相关政府部门投诉，请求他们介入处理。
- 诉讼：如果投诉也未能解决问题，那么购房者可以向法院提起诉讼，要求解除合同并退回款项。在诉讼过程中，需要提供充分的证据证明“房产证”的不合法性以及购房合同的无效性。
四、注意事项与风险提示
- 证据收集：在申请退回合同的过程中，购房者需要收集并保存好所有与购房相关的证据，包括购房合同、付款凭证、“房产证”等。
- 法律程序：申请退回合同需要遵循一定的法律程序，购房者应当了解并遵守这些程序，以免因程序不当而导致申请失败。
- 风险提示：即使购房者成功申请退回合同并拿回了款项，也可能面临一些潜在的风险，如卖方无力退款、房屋被查封或拍卖等。因此，在申请退回合同之前，购房者应当充分评估这些风险并做好相应的准备。
建议：如果您遇到了小产权房有了房产证又说不合法的情况，建议您首先与卖方进行协商，看是否能够达成一致意见。如果协商无果，您可以向相关部门投诉或向法院提起诉讼。在整个过程中，如果您需要任何法律帮助或建议，都可以直接向我咨询。