犯罪嫌疑人死亡案件违法所得的没收程序并不适用于所有案件，而是有明确的适用范围和条件。以下是对这一问题的详细分析：
一、适用范围
贪污贿赂犯罪：
- 包括刑法分则第八章规定的贪污罪、受贿罪、单位受贿罪、利用影响力受贿罪、行贿罪、对有影响力的人行贿罪、对单位行贿罪、介绍贿赂罪、单位行贿罪以及挪用公款罪、巨额财产来源不明罪等。
- 这些犯罪严重损害国家工作人员职务行为的廉洁性，破坏国家廉政建设制度，因此，在犯罪嫌疑人死亡后，其违法所得需要被追缴。
恐怖活动犯罪：
- 指以制造社会恐慌、危害公共安全或者胁迫国家机关、国际组织为目的，采取暴力、破坏、恐吓等手段造成的严重社会危害的犯罪行为，及其煽动、资助或以其他方式协助实施的活动，如组织、领导、参加恐怖组织罪，资助恐怖活动罪等。
- 恐怖活动犯罪对社会安全构成严重威胁，因此，在犯罪嫌疑人死亡后，其违法所得同样需要被追缴。
其他重大犯罪案件：
- 涵盖危害国家安全、走私、洗钱、金融诈骗、电信诈骗、网络诈骗、黑社会性质的组织犯罪、毒品犯罪等犯罪情节恶劣、危害后果严重、社会影响重大的案件。
- 一般来说，可能判处无期徒刑以上刑罚的案件，以及严重影响社会稳定、严重危害国家安全等具有重大社会影响的案件，在满足相应条件时也可适用没收违法所得程序。
二、适用条件
犯罪嫌疑人、被告人死亡：
- 依照刑法规定应当追缴其违法所得及其他涉案财产。这是启动没收违法所得程序的基本前提。
证据要求：
- 启动该程序需要足够的证据支持，包括但不限于犯罪事实、违法所得及其他涉案财产的种类、数量、所在地等。这是确保程序公正性和合法性的重要保障。
三、程序特点
只解决涉案财物处理问题：
- 违法所得没收程序只解决涉案财物的处理问题，不对人的刑事责任作认定。这是该程序与缺席审判程序的重要区别。
由中级人民法院组成合议庭审理：
- 违法所得没收程序由犯罪地或者犯罪嫌疑人、被告人居住地的中级人民法院组成合议庭审理。这是确保程序专业性和权威性的重要措施。
四、法律依据
- 《刑事诉讼法》第298条第1款明确规定了犯罪嫌疑人、被告人死亡案件违法所得的没收程序。
- 《刑诉解释》第609条至第628条提供了详细的司法解释，指导该程序的具体操作。
五、实际案例与操作
- 在实际操作中，如果犯罪嫌疑人死亡，且其涉嫌的犯罪属于上述适用范围，同时满足适用条件，那么人民检察院可以向人民法院提出没收违法所得的申请。
- 人民法院在受理申请后，会依法组成合议庭进行审理，并作出是否没收违法所得的裁定。
总结来看，犯罪嫌疑人死亡案件违法所得的没收程序并不适用于所有案件，而是有明确的适用范围和条件。在实际操作中，必须严格遵守法律程序，确保相关当事人的合法权益得到切实保护。如果您有进一步的法律问题或需要更详细的法律建议，请直接向我咨询。