合同中约定的仲裁时效为三个月，这一约定本身并不直接决定其法律效力，需结合法律规定及合同具体情况来判断。以下是对此问题的详细分析：

1. 仲裁时效的法律规定：

   • 根据《中华人民共和国仲裁法》及相关法律规定，合同纠纷的仲裁时效一般为三年，自当事人知道或应当知道其权利被侵害之日起计算。这一规定与《中华人民共和国民法典》中关于诉讼时效的规定相一致，旨在保护当事人的合法权益，避免因时间过长而导致证据灭失或权利难以主张。
   • 如果合同中约定的仲裁时效短于法律规定的时效，如三个月，该约定可能因违反法律强制性规定而无效。因为法律规定的时效是最低保护期限，当事人不能通过约定来缩短这一期限。

2. 合同约定的效力：

   • 合同是双方意思表示一致的协议，具有法律约束力。但是，合同中的约定不得违反法律、行政法规的强制性规定，不得违背公序良俗。
   • 如果合同中约定的仲裁时效为三个月，且该约定不违反法律、行政法规的强制性规定，同时双方均同意并接受这一约定，那么在合同纠纷发生时，双方可以按照合同约定的时效来申请仲裁。但这种情况较为罕见，且存在被认定为无效的风险。

3. 特殊情况下的时效处理：

   • 在某些特殊情况下，如因不可抗力或其他障碍导致不能行使请求权，仲裁时效可能会中止。自中止时效的原因消除之日起满六个月，仲裁时效期间届满。
   • 如果存在权利人向义务人提出履行请求、义务人同意履行义务、权利人提起诉讼或申请仲裁等情形，仲裁时效可能会中断并重新计算。

4. 法律建议：

   • 在签订合同时，建议双方明确约定仲裁条款，包括仲裁机构、仲裁地点、仲裁规则等，但应避免约定短于法律规定的仲裁时效。
   • 如果合同中已经约定了较短的仲裁时效，且该约定可能存在无效风险，建议双方及时协商修改合同条款，以避免未来可能出现的纠纷。
   • 在合同纠纷发生时，如果双方对仲裁时效有争议，建议及时咨询专业律师，以便更好地维护自己的合法权益。

总结来说，合同中约定的仲裁时效为三个月并不一定有效，需结合法律规定及合同具体情况来判断。在签订合同时，应遵守法律规定的时效期限，避免约定短于法律规定的时效。如果合同中已经约定了较短的仲裁时效，且存在无效风险，建议及时协商修改合同条款。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。