针对您提出的“酒店同一个员工两次未登记未成年人入住被查会怎么办”的问题，以下是我为您提供的详细解答：
首先，我们需要明确的是，酒店作为提供住宿服务的场所，有义务对所有入住旅客，特别是未成年人，进行严格的登记管理。这是为了保障旅客的安全，防止不法分子利用酒店进行违法犯罪活动，同时也是酒店遵守相关法律法规的基本要求。
当酒店员工两次未登记未成年人入住被查时，根据《中华人民共和国未成年人保护法》第五十七条以及相关治安管理处罚法的规定，酒店及涉事员工可能会面临以下后果：
行政处罚：酒店可能会因未按规定接待未成年人入住而受到行政处罚，包括但不限于罚款、停业整顿等。具体处罚力度会根据违规情节的严重程度以及当地相关法律法规的规定来确定。
员工个人责任：涉事员工可能会因未履行登记职责而面临个人处罚，如罚款、警告、甚至解雇等。这取决于酒店内部的规章制度以及员工违规的严重程度。
法律责任：如果酒店或员工的行为构成了对未成年人权益的侵害，或者为不法分子提供了便利条件，还可能面临更严重的法律责任，包括民事赔偿和刑事责任。
为了避免此类情况的发生，酒店应采取以下措施：
加强员工培训：定期对员工进行法律法规和酒店规章制度的培训，提高员工的法律意识和责任意识。
完善登记制度：建立严格的入住登记制度，确保所有入住旅客，特别是未成年人，都能得到准确的登记。
加强监管力度：酒店管理层应加强对员工工作的监督和检查，及时发现并纠正违规行为。
积极配合执法：在执法部门进行检查时，酒店应积极配合，如实提供相关信息和资料。
综上所述，酒店同一个员工两次未登记未成年人入住被查时，酒店和涉事员工都可能会面临行政处罚、个人责任以及法律责任。因此，酒店应严格遵守相关法律法规，加强员工培训和管理，确保所有入住旅客都能得到准确的登记和管理。