电子汇票已质押的情况下，到期时承兑人应将款项支付给质权人，而非背书人。以下从不同角度为您详细分析：
一、法律关系角度
质押关系的法律效力：
- 当电子汇票被质押时，出质人（通常是背书人或原持票人）与质权人之间形成了质押法律关系。根据《中华人民共和国民法典》中关于质押的规定，质权人有权在债务人不履行到期债务或者发生当事人约定的实现质权的情形时，依法就该质押财产优先受偿。
- 在电子汇票质押的情境下，质权人取得了对汇票款项的优先受偿权。这意味着，当汇票到期时，承兑人应直接将款项支付给质权人，以履行其付款义务。
背书与质押的区别：
- 背书是票据转让的一种方式，通过背书，票据的权利可以转让给被背书人。然而，在质押情境下，背书人并未真正转让票据权利，而是将票据作为债权的担保。
- 因此，背书人在此情境下并不享有对汇票款项的直接受偿权。相反，质权人作为担保权人，有权在汇票到期时直接受偿。
二、实际操作角度
承兑人的付款义务：
- 承兑人作为汇票的付款人，其付款义务是针对汇票的合法持有人或权利人。在电子汇票质押的情况下，质权人通过质押登记等手续成为了汇票款项的合法权利人。
- 因此，承兑人在汇票到期时，有义务将款项支付给质权人，而非背书人。
质押登记与公示：
- 在实际操作中，电子汇票的质押通常需要通过电子商业汇票系统进行登记和公示。这一步骤旨在确保质押关系的透明度和公信力，防止因信息不对称而导致的纠纷。
- 通过质押登记，承兑人可以清晰地了解到汇票的质押状态，从而在汇票到期时正确履行付款义务。
三、风险提示与建议
风险提示：
- 如果承兑人错误地将款项支付给背书人而非质权人，可能面临质权人的追索和法律责任。因为质权人作为合法权利人，有权要求承兑人履行付款义务。
- 同时，背书人如果未经质权人同意擅自处置汇票或款项，也可能构成违约或侵权行为，需要承担相应的法律责任。
建议：
- 对于出质人（背书人）而言，应确保在质押前与质权人明确质押条款和权利义务关系，避免因信息不对称或理解偏差而导致的纠纷。
- 对于质权人而言，应及时办理质押登记手续，并保留好相关证据材料，以便在需要时维护自己的合法权益。
- 对于承兑人而言，应严格审查汇票的质押状态和权利人信息，确保在汇票到期时正确履行付款义务。
综上所述，电子汇票已质押的情况下，到期时承兑人应将款项支付给质权人。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。